問題タブ [dendropy]

DendroPy の既存のツリーにノードを動的に追加してツリーを作成したいと考えています。だからここに私が進んでいる方法があります、

これで、分類群ラベル 8 と 3 を持つ 2 つの子を持つ小さなツリーが作成されます。次に、分類群ラベル 3 を持つノードに新しい葉を追加します。そのためには、ノード オブジェクトが必要です。

その時点で、ノードの属性である add child 関数を使用したいと思います。

しかし、t1 のすべてのノード オブジェクトを印刷しているときにノードを追加した後でも、初期化された唯一の子 8 と 3 が返されます。dendropy の既存のツリーにノードを追加する方法を理解するのを手伝ってください..

ここで t1 を出力すると、ツリーが表示されます。しかし、要素を追加した後でも、追加されたオブジェクトが見つかりませんでした。たとえば、

5に関連するオブジェクトを返していません。

私はプログラマーではなく、プログラミングの上級者でもないので、私の質問にあまり腹を立てないでください:D

問題は、私は生物学者であり、プログラミングを少し学び始めたところです (私はしなければなりません)。このサイトdendropy/sumtreesの説明を使用して python 経由でインストールしようとしていました。

私は

cプロンプトで、次のメッセージを受け取りました：

誰でも私を助けることができますか？（量子物理学の基礎を理解するためにサルに使用している言葉を使用して...） よろしくお願いします:)

Python で ete3 パッケージを使用して、確率モデルで生成したデータから系統樹を構築していますが、うまく機能します。以前にこれらのツリーを newick 形式で作成し、Dendropy パッケージで別のスクリプトを使用して、これらのツリーを読み取り、分析を行いました。これらのスクリプトは両方とも正常に動作します。

私は現在、この種のデータ処理を大量に実行しようとしており、ファイルの書き込みをスキップする単一のスクリプトを作成したいと考えています。どちらのメソッドも Tree と呼ばれるので、次のように dendropy メソッドをインポートすることでこれを回避しました。

そして、次のようなete3メソッド：

これは大丈夫だと思われます。

私が持っている質問は、あるパッケージから別のパッケージにオブジェクトを渡す方法です。最初に ete3 メソッドを使用してツリー オブジェクトを構築するループがあり、それを 't' と呼びます。私の計画では、ete3 で Tree.write メソッドを使用して、次のように「get」メソッドを使用し、実際の出力ファイル ビットをスキップして、ツリー オブジェクトを Dendropy に渡すことでした。

しかし、これはエラーを与えます:

どんな考えでも大歓迎です。

以下を使用して、デンドロピーでコフェネティック距離行列を作成しました。

ただし、ドキュメントを読んで多くのことを試してみると、オブジェクト「pdm」から使用可能な方法で実際の行列を抽出できません

NBas_data_tableこのクラスには、私も理解できないメソッドがあります