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フロー ダイアグラムに似たネットワーク ビジュアライゼーションを描画しようとしています。私は次のコードにかなり近いですが、いくつか質問があります。

  1. これは最適な layout() アルゴリズムですか、それとも各ノードの位置を手動で割り当てることができますか?
  2. これらのノードがプロットで重ならないようにするにはどうすればよいですか (ここではそうしています)。
  3. 1 つのノードを「アンカー」または開始点として割り当てることはできますか? つまり、「C」を一番上のノードまたは一番左のノードにすることはできますか?

本当にありがとう！！

library("igraph")
L3 <- LETTERS[1:8]
d <- data.frame(start = sample(L3, 16, replace = T), end = sample(L3, 16, replace = T),
                weight = c(20,40,20,30,50,60,20,30,20,40,20,30,50,60,20,30))


g <- graph.data.frame(d, directed = T)

V(g)$name 
E(g)$weight

ideg <- degree(g, mode = "in", loops = F)

col=rainbow(12) # For edge colors

plot.igraph(g, 
  vertex.label = V(g)$name, vertex.label.color = "gray20",
  vertex.size = ideg*25 + 40, vertex.size2 = 30,
  vertex.color = "gray90", vertex.frame.color = "gray20",
  vertex.shape = "rectangle",
  edge.arrow.size=0.5, edge.color=col, edge.width = E(g)$weight / 10,
  edge.curved = T, 
  layout = layout.reingold.tilford)
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igraph のレイアウトは、ノードごとに 2 列と 1 行のマトリックスで定義されます。最初の列は x 位置を示し、2 番目の列は y 位置を示します。スケールは関係ありません (-1 から 1 のプロット領域に合わせて常に再スケーリングされます)。グラフでレイアウト関数を呼び出すだけで、プロットする前にこのレイアウトを取得できます。 :

 l <-layout.reingold.tilford(g) 
 l
     [,1] [,2]
[1,]    0    0
[2,]   -1    3
[3,]    0    1
[4,]    0    3
[5,]    0    2
[6,]    0    4
[7,]    1    3

このようにして、手動で任意の方法で変更し、プロットに送信できます。

plot.igraph(g, 
  vertex.label = V(g)$name, vertex.label.color = "gray20",
  vertex.size = ideg*25 + 40, vertex.size2 = 30,
  vertex.color = "gray90", vertex.frame.color = "gray20",
  vertex.shape = "rectangle",
  edge.arrow.size=0.5, edge.color=col, edge.width = E(g)$weight / 10,
  edge.curved = T, 
  layout = l)

また、引数paramsを設定してレイアウト abit を制御できるようです。rootこれは、明らかにグラフのルートを設定するために使用できる引数を含むリストです。これにノードの番号を割り当てます (igraph はノードに C のようなインデックスを使用することに注意してください。最初のインデックスは 0 です)。したがって、ルートを「C」に設定します。

l <- layout.reingold.tilford(g,params=list(root=2))

編集: また、RGraphVizチェックする価値のある素敵なツリーレイアウトがいくつかあります。

編集2：

これは、私のパッケージのソース コードの一部を変更したもので、同じ種類のレイアウト マトリックスを使用して、グラフ内のノードの配置を定義します。

gridLayout <- function(x)
{
    LmatX <- seq(-1,1,length=ncol(x))
    LmatY <- seq(1,-1,length=nrow(x))

    loc <- t(sapply(1:max(x),function(y)which(x==y,arr.ind=T)))
    layout <- cbind(LmatX[loc[,2]],LmatY[loc[,1]])
    return(layout)
}

この関数が行うことは、グリッド内のレイアウトを指定する行列 ( と同様layout()) を、x と y の位置を持つ 2 列のレイアウトに変換することです。ゼロの行列を定義し、ノードごとに 1 からノードの総数までの整数を定義します (これは igraph ID + 1 です)。

たとえば、ばかげた 4 ノード グラフの場合:

grid <- matrix(c(
    0,0,1,0,0,
    2,0,3,0,4),nrow=2,byrow=TRUE)

library("igraph")

g <- graph.adjacency(matrix(1,4,4))

plot(g,layout=gridLayout(L))
于 2011-03-19T19:29:24.983 に答える