私は職場で VS2005 と Windbg を使用してアプリケーション検証ツールをよく使用するので、その仕組みを少し説明できます。
最初に、Application Verifier によって計測されるアプリケーションのリストにアプリケーションを追加するために、Application Verifier スタンドアロン アプリケーションを起動する必要があります。次に、メイン ダイアログの [テスト] 右側のペインで、ベリファイアに検証させたいアプリケーションのさまざまな側面を選択できます。
しかし、さまざまなテストを確認するだけでは十分ではありません。希望どおりに動作するように構成する必要があります。
あなたの質問では、検証者によってエラーが検出されたときに、実行中にデバッガーが停止 (ブレーク) するという「問題」があると述べています。この動作は、Application verifier UI から構成できます。テストするカテゴリをチェックしたら、それを右クリックして、[Verifier Stop Options] を選択します。次のダイアログが表示されます。

このダイアログでは、ベリファイアが検出できるエラーの種類ごとに (左側の [ベリファイア ストップ] リストにリストされています)、エラーの説明が表示され、ベリファイアがこの種のエラーを完全に無視するかどうかを指定できます。エラー (「非アクティブ」をチェックすることによって)、または接続されたデバッガーを中断したい場合は、そのようなエラーが発生したときに例外をスローするか、単にファイルに記録します。
エラーを複数回報告するか、アプリケーションの実行ごとに 1 回だけ報告するかを指定することもできます。
特定の状況では、エラーが見つかるたびにデバッガーを中断させたくないため、検証者が見つけることができる最も重大なエラーを除いて、[No Break] ラジオ ボタンと共にログ オプションをチェックする必要があります。 (問題を再現する際に問題をトレースして確認するために、デバッガーを中断する必要がある場合があります)。
オプションが適切に設定されたら、Application verifier アプリケーションを閉じて (設定はレジストリに保存されます)、Visual Studio からアプリケーションを起動できます。
Visual Studio の [出力] ウィンドウには、ベリファイアによって検出されたエラーのログが含まれている必要があります。
Application Verifier によって生成されたログは、View->Logs メニュー項目を介して Verifier UI からアクセスできます。