線形モデリング用に変換したい生の遺伝子数の RNA 配列データがあります。加重分析を行うために、voom 変換を試みています。
データ フレーム: prac_count_10
gene S1 S2 S3 S4 S5
ENG0000456 0 1 10 145 24
ENG0000458 7 2 9 0 0
ENG0000657 76 12 56 10 2
ENG0000689 0 0 0 3 5
コード：
prac_prac_10 <- voom(prac_count_10[,2:5], design=NULL, lib.size=NULL,
normalize.method = "none", span = 0.5
ただし、これは遺伝子サンプル名と logCPM 値を含む出力を提供しません。線形モデリング用の遺伝子 ID と logCPM 値を含む出力が必要です。
また試しました：
cpm <- cpm(prac_count_10)
lcpm <- cpm(prac_count_10, log=TRUE)