4

このコードは機能します：

library(plyr)
x <- data.frame(V= c("X", "Y", "X", "Y", "Z" ), Z = 1:5)
ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z),.parallel=FALSE)

このコードは失敗しますが:

library(doSMP)
workers <- startWorkers(2)
registerDoSMP(workers)
x <- data.frame(V= c("X", "Y", "X", "Y", "Z" ), Z = 1:5)
ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z),.parallel=TRUE) 
stopWorkers(workers)

>Error in do.ply(i) : task 3 failed - "subscript out of bounds"
In addition: Warning messages:
1: <anonymous>: ... may be used in an incorrect context: ‘.fun(piece, ...)’

2: <anonymous>: ... may be used in an incorrect context: ‘.fun(piece, ...)’

R 2.1.12、plyr 1.4、および doSMP 1.0-1 を使用しています。誰かがこれを回避する方法を見つけましたか?

編集: Andrie への回答として、ここにさらに図を示します。

system.time(ddply(x, .(V), function(df) Sys.sleep(1), .parallel=FALSE)) #1
system.time(ddply(x, .(V), function(df) Sys.sleep(1), .parallel=TRUE)) #2
library(doSMP)
workers <- startWorkers(2)
registerDoSMP(workers)
x <- data.frame(V= c("X", "Y", "X", "Y", "Z" ), Z = 1:5)
system.time(ddply(x, .(V), function(df) Sys.sleep(1), .parallel=FALSE)) #3
system.time(ddply(x, .(V), function(df) Sys.sleep(1), .parallel=TRUE)) #4
stopWorkers(workers)

最初の 3 つの関数は機能しますが、すべて約 3 秒かかります。関数 #2 は、並列バックエンドが登録されていないことを警告するため、順次実行されます。関数 #4 は、元の投稿で参照したのと同じエラーを返します。

/edit: 好奇心と好奇心: 私の Mac では、次のように動作します。

library(plyr)
library(doMC)
registerDoMC()
x <- data.frame(V= c("X", "Y", "X", "Y", "Z" ), Z = 1:5)
ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z),.parallel=TRUE)

しかし、これは失敗します:

library(plyr)
library(doSMP)
workers <- startWorkers(2)
registerDoSMP(workers)
x <- data.frame(V= c("X", "Y", "X", "Y", "Z" ), Z = 1:5)
ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z),.parallel=TRUE) 
stopWorkers(workers)

そして、これも失敗します:

library(plyr)
library(snow)
library(doSNOW)
cl <- makeCluster(2, type = "SOCK")
registerDoSNOW(cl)
x <- data.frame(V= c("X", "Y", "X", "Y", "Z" ), Z = 1:5)
ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z),.parallel=TRUE) 
stopCluster(cl)

したがって、 foreach のさまざまな並列バックエンドは交換可能ではないと思います。

4

3 に答える 3

4

質問には@​​hadleyがよく答えていますが、plyrが他のforeach並列バックエンドで動作するようになったと思います。plyrをdoSNOWと組み合わせて使用​​する例を含むブログエントリへのリンクは次のとおりです。

于 2011-11-22T01:38:51.573 に答える
2

@LeeZamparoの答えを確認するために、少なくともRバージョン2.15.0のWindows 7では、でplyr動作するようです。snow問題のコードの最後のチャンクは機能しますが、不可解な警告があります。

library(plyr)
library(snow)
library(doSNOW)
cl <- makeCluster(2, type = "SOCK")
registerDoSNOW(cl)

x <- data.frame(V= c("X", "Y", "X", "Y", "Z" ), Z = 1:5)

library(microbenchmark)
mb <- microbenchmark(

      PP <- ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z),.parallel=TRUE),
      NP <- ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z),.parallel=FALSE) 
                     )

stopCluster(cl)

不可解な警告:

> warnings()
Warning messages:
1: <anonymous>: ... may be used in an incorrect context: ‘.fun(piece, ...

高速ではありません、それはオーバーヘッドだと思います...

> mb
Unit: milliseconds
                                                             expr
1 NP <- ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z), .parallel = FALSE)
2 PP <- ddply(x, .(V), function(df) sum(df$Z), .parallel = TRUE)
        min        lq    median        uq       max
1  11.91518  15.74567  20.10944  23.30453  38.09237
2 314.58008 336.81160 348.42421 358.57337 575.11220

期待どおりの結果が得られることを確認します

> PP
  V V1
1 X  4
2 Y  6
3 Z  5

このセッションに関するその他の詳細:

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252  LC_CTYPE=English_Australia.1252   
[3] LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C                      
[5] LC_TIME=English_Australia.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] microbenchmark_1.1-3 doSNOW_1.0.6         iterators_1.0.6     
[4] foreach_1.4.0        plyr_1.7.1           snow_0.3-10          

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_2.15.0 tools_2.15.0
于 2013-01-04T23:32:56.737 に答える
1

plyrはdoMCでのみ機能することがわかりましたが、開発者はそれに取り組んでいます。

于 2011-04-13T17:33:30.717 に答える