次のクエリを検討してください。
$query = Doctrine::getTable('sfGuardUser')
->createQuery('u')
->innerJoin('u.Groups g')
->where('u.name = 'username')
->adnWhere('g.name <> 'groupname')
これにより、「グループ名」に関係なく「ユーザー名」を持つユーザーが返されます。「グループ名」関係がない場合にのみユーザーを返す必要があります。