分子を.molファイルとしてrdkitにインポートしました。分子には CN=NC 部分構造が含まれています。CN=NC 部分構造の座標を見つけたいです。
Chem.MolToBlock(molfile)3D座標をリストするために使用してみました; ただし、これは分子全体の 3D 座標を返します。
私のコードの基礎は次のとおりです。
molecule = rdkit.Chem.MolFromMolFile('molfile')
query = rdkit.Chem.MolFromSmiles('CN=NC')`
subatomids = m.GetSubstructMatch(q)
ただし、特定の原子の座標を返す簡単な方法があるかどうかはわかりません
理想的な結果は次のとおりです。
C = x y z
N = x y z
N = x y z
C = x y z
または似たようなもの。