bioinformatics - NCBI遺伝子データベースの質問

Question

遺伝子名と染色体位置を含むgene_infoファイルを見つけようとしています。しかし、NCBIFTPサイトで見つけることができないようです。誰かが私にポインタを与えることができますか？

Answer 1

NCBI ftpサイトのどのファイルに何が含まれているかの詳細については、ftp ：//ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/READMEを参照してください。

NCBI自体からデータを取得する場合は、複数のファイルを組み合わせる必要があります。おそらく、gene2accession（位置情報も含まれます）と、IDをシンボルや名前などにマップするgene_infoファイルです。

この情報については、UCSCサイトにアクセスする方がおそらく便利です。利用可能なものを調べたい場合は、パブリックmysqlデータベースも提供されます： http ：//workshops.arl.arizona.edu/sql1/sql_workshop/mysql/mysqlclient .html

人間、マウス、またはラットのデータだけが必要な場合、ラットゲノムデータベースはすでに必要なデータをコンパイルしています（NCBIおよびEnsemblソースからの新鮮なもの）：ftp： //rgd.mcw.edu/pub/data_release

たとえば、人間のデータについては、ftp：//rgd.mcw.edu/pub/data_release/GENES_HUMAN.txtを参照してください。