r - 単一細胞 RNA 配列データの異なる遺伝子発現における 2 つの共変量をどのように説明するのですか?

Question

私はさまざまな年齢と性別の人間のデータを持っています。との統合を使用した後seurat、遺伝子発現差解析中にこれらの交絡因子をどのように制御するのが最善でしょうか。関数に潜在.varsのオプションが表示されFindMarkersます。latent.vars = c("Age", "gender")両方を一緒に説明することはできますか？または、一度に 1 つしか使用できませんか?

テストをより適切に行うための代替パッケージはありますか? 前もって感謝します！

Answer 1

その引数を使用できますが、それが意味することは、デフォルトのウィルコクソン テストではなく、glm ベースのモデルに移行していることです。?FindMarkersヘルプ ページ ( )にも表示されます。

latent.vars: Variables to test, used only when ‘test.use’ is one of
          'LR', 'negbinom', 'poisson', or 'MAST'

GLMDETest の下のソース コードで glm がどのように呼び出されるかを確認できます。基本的に、これら 2 つの共変量は、従属変数への影響を説明するために glm に含まれています。この場合、共変量の年齢をどのように扱うかも重要です。カテゴリか連続か..これは結果に影響を与える可能性があります。