r - R：2つの行列の列間のペアワイズユークリッド距離

Question

次のループは実行に時間がかかりすぎます（2分/反復）tumor_signalsのサイズは950000x422です。normal_signalsのサイズは950000x772です。速度を上げる方法について何かアイデアはありますか？

for(i in 1:ncol(tumor_signals)){
x <- as.vector(tumor_signals[,i])
print("Assigned x")
y <- t((t(normal_signals) - x)^2)
print("assigned y")
y <- t(sqrt(colSums(y)))
print("done")
#all_distance <- cbind(all_distance,matrix(distance))
print(i)
}

Answer 1

コードにバグがあります - の転置を取る必要はありませんnormal_signals。私が理解しているように、すべてのi = 1,2,...422、およびについて、とj=1,2,...,772の間のユークリッド距離を計算しようとしています。おそらく、結果を 422 x 772 のマトリックスで表示したいと思うでしょう。パッケージには、これを行う関数があります。tumor_signals[,i]normal_signals[,j]rdist()fields

require(fields)
result <- rdist(t(tumor_signals), t(normal_signals))

ちなみに、Google で検索する[R Euclidean distance]と、このパッケージは簡単に見つかります。