特定の Windows ユーザーとして実行されている C# コードから plink を呼び出しています。私は plink のように呼びます
plink.exe user@hostname -pw パスワード コマンド
通常、plink プロセスはコマンドが実行された直後に終了しますが、コードを実行するユーザーが Windows にログインしていない場合、plink プロセスは終了しません。
これらすべてのゾンビ プロセスが構築されると、新しいプロセスを作成できなくなる時点が来ます...
なぜこれが起こっているのでしょうか？
これは、新しいサーバーに初めて接続したときに、PuTTY が現在ログインしているユーザー (HKEY_CURRENT_USER の下) の下のレジストリにホスト キーを登録することが原因である可能性があります。そのユーザーがログインしていないと、レジストリのその部分にアクセスできない場合があります。
キーを HKEY_LOCAL_SYSTEM に移動してみてください。そのプロセスはここで詳しく説明されています: http://xxlinxx.wordpress.com/2009/03/23/set-up-an-ssh-tunnel-as-a-windows-service-using-putty-plink/
そのページには、特定のユースケースによっては重要であることが判明する可能性のある最後のメモがあります。
PS:証明書を HKEY_USERS.DEFAULT に移動することについて説明している別のページがここにあります。