かなり大きな 18*65 テーブルのコード ダイアグラムを作成しようとしています (すべてのセルに値があるわけではありません)。
必要な画像を生成しましたが、その品質は、以下に示すgithubに示されているものとはまったく異なります。
プロットする必要があるセルの数が問題を引き起こす可能性があると思いますが、それ以外の場合、なぜこのような違いが生じるのかわかりません:
circos.par(gap.after = c(rep(2, ncol(chord_data)-1), 10, rep(2, 8-1), 5, rep(2, 10-1), 5, rep(2, 5-1), 5, rep(2, 3-1), 5, rep(2, 1), 5, rep(2, 12-1), 5, rep(2, 10-1), 5, rep(2, 6-1), 5, rep(2, 7-1), rep(2, 3-1), 10))
png(file = "antismash_by_type.png", width = 800, height = 800)
chordDiagram(chord_data,
grid.col = grid.col,
order = order,
annotationTrack = "grid",
preAllocateTracks = 1)
circos.track(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ylim[1], CELL_META$sector.index,
facing = "clockwise", niceFacing = TRUE, adj = c(0, 0.5))
}, bg.border = NA)
dev.off()
第二に、コードは 0 から 100 の範囲のセルの値にスケーリングしているようには見えず、私が読んだことから、これはデフォルトで発生することを意図していますが、そうではないようです。