問題タブ [circlize]

私たちのデータを使用して、ここに掲載されている同様のグラフを作成したいのですが、「一部のギャップが大きすぎることを検出してください」というエラー メッセージが表示されました。一部の値が他の値と比較して非常に小さいためだと思いますか (例: 1 対 1812)?. 1 または 2 の後にいくつかのゼロを追加して、マトリックス 2 のようにデータにいくつかの変更を加えました。この範囲のデータを回避する方法はありますか? 実際のデータ (行列 1) を使用して、この美しいグラフをプロットしたいと思います。どんな助けでも大歓迎です。

rライブラリ「circlize」を使用して、このWebサイトhttps://gjabel.wordpress.com/2014/03/28/circular-migration-flow-plots-in-r/のグラフを複製しようとしています。残念ながら、私には2つの問題があります：

まず、すべてのプロット領域 (つまりNote: 1 point is out of plotting region in sector 'Mexico', track '1') に対して警告が表示されました。非推奨の関数である と一緒に使用していたので、問題は と にあると思いましたcircos.text。しかし、代わりに を使用しても、問題は解決しません。だから、この警告の意味を理解していなかったと思います。私を助けるためのヒントはありますか？circos.axisdirectionfacingdirection

さらに、私のプロットでは、リンクはセグメントから非常に離れていました。したがって、問題を解決する track.margin を削減しようとしましたが、セグメントの名前がマージンの外側にあり、視覚化できません。この問題を解決するより良い方法はありますか?

これは私がこれまでに書いたものです (このサイトhttps://github.com/null2/globalmigrationからほぼ完全に取得しています)

ご助力ありがとうございます。

編集: 2 番目の問題を解決する必要があると思われるため、スクリプトの 2 番目の部分を追加します。

chordDiagram 関数 (R パッケージ circlize) でラベルのサイズを変更する方法を教えてもらえますか? cex や cex.labels などのオプションを探しましたが、見つからないようです。また、向きを変えることはできますか？

私はこちらのサークライズ チュートリアルの 8 ページにあるようなプロットを作成しました: http://cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/genomic_plot.pdf

今、遺伝子名の上に追加のトラックを重ねようとしています。これは、遺伝子をより大きなカテゴリにグループ化することを示しています (下のビネットから取った画像では、よりきれいな画像を得ることを望んで、青い線を追加しようとしています)サークライズ付き）。

これらの広い領域のそれぞれの開始と終了、およびラベル (これらの領域の上に追加しようとしています) を含む新しいデータ フレームがあります。

以前のプロットから xlim、ylim、および index 情報を取得しようとしましたが、新しいデータ フレームであるため問題が発生しています。

これが私がやっていることです:私の新しいデータフレーム(メインデータと同じ座標を持つ)がこれだと言います:

プライマリ データセットを使用してサーコを初期化した後、ビネットの例のように遺伝子の要因であり、次のようにトラックを追加しようとしています。

そして、私はこのエラーを受け取り続けます：「if（ncut）{のエラー：引数は論理として解釈できません」。

私は何を間違っていますか？

また、par(new = TRUE) を使用してまったく新しいプロットをオーバーレイしようとしましたが、円全体に合うように再スケーリングされるため、以前のプロットと正確にオーバーラップすることはできません (より広い領域に対して定義されたいくつかのセグメントしかありません)。 ）。RI の circlize でこのオーバーレイ領域を (これらのより広い領域を定義する別のデータセットを使用して) 描画する方法について誰かが指摘している場合は、非常に感謝しています!

お手伝いありがとう！