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私は bam ファイルを持っており、それを操作するために bioperl (Bio::DB::Sam) を使用しています。このファイルのアラインメントにタグを追加する可能性はありますか?

私が使う

    my $iterator     = $bam->features(-iterator => 1,
                                      -flags    => {M_UNMAPPED=>0});

    while (my $align = $iterator->next_seq) { 
        ...
    }

アラインされた読み取りをループします。今、私は次のようなものを探しています

    $align->addTag(key=>value)

さよなら

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BedToolsには、TagBamと呼ばれるBAMファイルに注釈を付ける手段があります。

http://biostar.stackexchange.com/questions/9552/basic-bam-file-annotation

https://github.com/arq5x/bedtools

于 2011-07-08T19:05:13.747 に答える
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短い答え、いいえ。

生のSAMに対してそれを実行してから、それをBAMに戻すことができる場合があります。私は最近、BAM用のC ++ APIを作成していて、この問題に自分で遭遇しました。問題は、この情報を表す基になるc構造体がすべて密にバイトパックされており、特定の量のメモリを消費することです。必要以上の量がある場合もありますが、適切な量の場合もあります。これらの構造に追加すると、ほとんどの場合、使用可能なメモリを超えてしまいます。

したがって、私があなたである場合は、追加のタグを含む新しいSAMファイルを書き出し、samtoolsを使用してBAMに変換します。

于 2011-06-07T11:12:17.530 に答える