脂質と水の構造を研究しています。脂質 (グループ 2) から 4A 未満のすべての水 (グループ 1) を選択する必要があります。私はこのコマンドを使用しました：
gmx select -f input.gro -s input.tpr -n input.ndx -select 'group 1 and within 0.4 of group 2' -on output.ndx
残念ながら、それは機能しますが、プログラムはその領域のすべての ATOM を選択し、H または OH だけを残します。追加することでこれを修正することになっていました-seltype whole_res_comが、出力値はまったくナンセンスでした..脂質相の4A以内のすべての水残基を選択する他の方法はありますか? 前もって感謝します！