ベッドファイル (自家製) を使用して、ゲノムから fasta 配列を抽出しようとしています。ベッドファイルは次のようになります (タブ区切り):
LQNS02278165.1 13104710 13109495 +
LQNS02278165.1 9139127 9142308 +
LQNS02278165.1 13665793 13666495 +
LQNS02278165.1 9143024 9144041 +
LQNS02278165.1 9221339 9222957 -
LQNS02278165.1 9220085 9220713 -
LQNS02278165.1 12608731 12609200 +
LQNS02278165.1 9144041 9144734 +
LQNS02278165.1 13666286 13666752 +
LQNS02278165.1 13655380 13655764 +
オプション force standedness (-s) を指定して bedtools getfasta を実行していますが、これは機能しません。私が得る出力は、ストランドを考慮に入れていません。助言がありますか ？
bedtools getfasta -s -fo strand_genome.fa -fi genome.fa -bed f.blast_genome.bed -fullHeader
>LQNS02278165.1:13104710-13109495()
AAAAAAA....
>LQNS02278165.1:9139127-9142308()
AAAAAAA....
>LQNS02278165.1:13665793-13666495()
AAAAAAA....
>LQNS02278165.1:9143024-9144041()
AAAAAAA....
>LQNS02278165.1:9221339-9222957()
AAAAAAA....
ありがとう！