r - R で ggtree を使用して、逆循環系統樹でいくつかの先端ノードをリンクする方法

Question

R の ggtree を使用して、円形レイアウトで注釈付きの系統樹の図を作成したいと考えています。一部の先端ノードは、曲線でリンクする必要があります。長方形のレイアウトでは geom_taxalink() 関数を使用してこれを実現できますが、円形のレイアウトでは機能しません。これは、 geom_taxalink() が非線形座標をサポートしていない geom_curve() を使用しているためと思われます。次のメッセージが表示されます。

「警告メッセージ:
geom_curve は非線形座標に対して実装されていません」

以下: 再現可能なコード、取得した出力、必要な出力、およびセッション情報。

必要な結果を得るために何か助けていただければ幸いです。

ありがとう！

サミュエル

コード例:

library(treeio)
library(ggtree)
library(ggplot2)

raxml_file <- system.file("extdata/RAxML", 
                          "RAxML_bipartitionsBranchLabels.H3",
                          package="treeio")

raxml <- read.raxml(raxml_file)
raxml <- as_tibble(raxml)
raxml$label <- gsub("_.*$", "", raxml$label)
raxml <- as.treedata(raxml)

my_tree <- ggtree(raxml, layout = "circular", branch.length = "none") +
  geom_tiplab2(size = 3, hjust = 1) +
  geom_taxalink("EU857082", 
                "YGSIV1534",
                color = "red") +
  scale_x_reverse(limits = c(100, 0))

ggsave("my_tree.png", my_tree,
       width = 10, height = 10, units = "in",
       dpi = 300)

私が得た結果のサンプルへのリンクは次のとおりです。

望ましい結果の例へのリンクは次のとおりです。

セッション情報:

info <- sessionInfo()
toLatex(info, locale = FALSE)

    # \begin{itemize}\raggedright
    # \item R version 4.0.2 (2020-06-22), \verb|x86_64-pc-linux-gnu|
    #   \item Running under: \verb|Ubuntu 18.04.4 LTS|
    #   \item Matrix products: default
    # \item BLAS:   \verb|/usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1|
    #   \item LAPACK: \verb|/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1|
    #   \item Base packages: base, datasets, graphics, grDevices, methods,
    # stats, utils
    # \item Other packages: ggplot2~3.3.2, ggtree~2.2.1, treeio~1.12.0
    # \item Loaded via a namespace (and not attached): ape~5.4,
    # aplot~0.0.4, assertthat~0.2.1, BiocManager~1.30.10, cli~2.0.2,
    # colorspace~1.4-1, compiler~4.0.2, crayon~1.3.4, dplyr~1.0.0,
    # ellipsis~0.3.1, fansi~0.4.1, farver~2.0.3, generics~0.0.2,
    # glue~1.4.1, grid~4.0.2, gtable~0.3.0, jsonlite~1.7.0, labeling~0.3,
    # lattice~0.20-41, lazyeval~0.2.2, lifecycle~0.2.0, magrittr~1.5,
    # munsell~0.5.0, nlme~3.1-148, parallel~4.0.2, patchwork~1.0.1,
    # pillar~1.4.6, pkgconfig~2.0.3, purrr~0.3.4, R6~2.4.1, Rcpp~1.0.5,
    # rlang~0.4.7, rstudioapi~0.11, rvcheck~0.1.8, scales~1.1.1,
    # tibble~3.0.3, tidyr~1.1.0, tidyselect~1.1.0, tidytree~0.3.3,
    # tools~4.0.2, vctrs~0.3.1, withr~2.2.0
    # \end{itemize}