質問は古すぎますが、私は同じ問題を抱えています。
Anirudh Ramanathan の答えは正しいです。
解決策は、別の ApplicationPools に新しいアプリケーションを追加することです。
Microsoftのドキュメントから右:
[接続] ウィンドウで、[サイト] ノードを展開します。
アプリケーションを作成するサイトを右クリックし、[アプリケーションの追加] をクリックします。
[エイリアス] テキスト ボックスに、marketing などのアプリケーション URL の値を入力します。この値は、URL でアプリケーションにアクセスするために使用されます。
[アプリケーション プール] ボックスに表示されているものとは異なるアプリケーション プールを選択する場合は、[選択] をクリックします。[アプリケーション プールの選択] ダイアログ ボックスで、[アプリケーション プール] リストからアプリケーション プールを選択し、[OK] をクリックします。
[物理パス] テキスト ボックスに、アプリケーションのフォルダーの物理パスを入力するか、参照ボタン ([...]) をクリックしてファイル システムをナビゲートし、フォルダーを見つけます。
必要に応じて、[Connect as] をクリックして、物理パスへのアクセス許可を持つ資格情報を指定します。特定の資格情報を使用しない場合は、 >Connect As ダイアログ ボックスで Application user (pass-through authentication) オプションを選択します。
必要に応じて、[設定のテスト] をクリックして、アプリケーションに指定した設定を確認します。
[OK] をクリックします。
完全なドキュメントはこちら
注: 「[設定のテスト] をクリックして、アプリケーションに指定した設定を確認してください」とエラーが発生する場合があります。他のSOの回答によると、それはバグのようです。このアラートを無視すると、すべて正常に動作します。