作成しようとしているパイプラインの一部として、Nextflow でさらに一連の条件付きプロセスを実行するための変数として使用する .tab 結果ファイルであるプロセスから出力を取得する必要があります。Nextflow スクリプトに変数を追加することはできないようですが、以下のような方法で Perl でこれを管理できます。
my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';
open (RESLIST, "<$resultsfile") or die$!;
my @resultlist=<RESLIST>;
$LINE = $resultlist[1];
close RESLIST or die$!;
my @topresults = split ("\t", $LINE);
my $topidentity = $topresults[5];
chomp $topidentity
変数 $topidentity を取得して Nextflow の変数として使用する方法、または Nextflow で同様のスクリプトを実行して同じ変数を生成する別の方法はありますか?