biopython - forループを使用して2つの原子間の距離を取得するにはどうすればよいですか？

Question

PDB構造が1つあります。この構造には13残基があります。forループを使用して2つの原子（C、O、N、Sのみ）間の距離を見つける必要があります。まず、1番目と2番目の残基の間の距離を見つける必要があります。その後、1番目と3番目の残基。1番目と13番目の残基まで。forループを使用してPythonスクリプトを作成するにはどうすればよいですか？

Answer 1

xyz座標を使用して、各原子間の距離を計算できます。まず、PDBファイルを解析して座標を保存する必要があります。次に、原子のリスト（list_of_atoms内の原子の場合）を繰り返し処理し、それらの間のユークリッド距離を計算します。

http://en.wikipedia.org/wiki/Euclidean_distance#Three_dimensions

BiopythonのBio.PDBモジュールでも、このような計算が簡単にできます。