私はこの小さなパイプラインを持っています:
process test {
"""
echo 'hello'
exit 1
"""
}
workflow.onError {
process finish_error{
script:
"""
echo 'blablabla'
"""
}
}
echo blabla
パイプラインにエラーが発生した場合に備えて、finish error プロセスを使用して python スクリプトをトリガーしたいのですが、単純な例を使用しても、このプロセス全体がトリガーされないようです。
nextflow run test.nf
N E X T F L O W ~ version 20.10.0
Launching `test.nf` [cheesy_banach] - revision: 9020d641ca
executor > local (1)
[56/994298] process > test [100%] 1 of 1, failed: 1 ✘
[- ] process > finish_error [ 0%] 0 of 1
Error executing process > 'test'
Caused by:
Process `test` terminated with an error exit status (1)
Command executed:
echo 'hello'
exit 1
Command exit status:
1
Command output:
hello
Command wrapper:
hello
Work dir:
/home/joost/nextflow/work/56/9942985fc9948fd9bf7797d39c1785
Tip: when you have fixed the problem you can continue the execution adding the option `-resume` to the run command line
この finish_error プロセスをトリガーするにはどうすればよいですか? また、その出力を表示するにはどうすればよいですか?