DESeq2 パッケージを使用して PCA を実行していますが、既に観測に基づいている形状の黒い輪郭を取得したいと考えています。丸いものは機能しますが、他の形状は機能しません。
Make stat_ellipse {ggplot2} Outline geom_point fill color やPlace a border around pointsなどの例では、データが 1 つの形状としてプロットされます。
以前に大きなデータセットで PCA を実行したため、再現可能な例を示すのは困難ですが、これは私が次のように実行したものです。
ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+
geom_point(size=5)+
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)
その鍵は、その新しいレイヤーのコーディングにあると思いますgeom_point
ランニングscale_fill_manual I get the following
ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+
geom_point(size=5)+ scale_shape_manual(values=c(21,22,23))
