ライブラリ phyloseq を使用して .biom データを R に読み込みます。
Data2020 <- import_biom("XXX")
mapfile2020 <- import_qiime_sample_data("XXX")
tree <- read_tree("XXX")
mydata <- merge_phyloseq(Data2020, mapfile2020, tree)
colnames(tax_table(mydata)) <- c("Kingdom", "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species")
ps <- mydata
ps1 <- subset_taxa(ps, Phylum != "NA")
必要なデータにサブセット化します。
WRB_data <- subset_samples(ps1, Site=="WRB")
次に、分類群によるサブセット化を試みます。
WRB_data2 <- subset_taxa(WRB_data, Phylum=="Acidobacteria")
常にこのエラーが発生します。助けてください！？
Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [1] not equal to array extent