問題タブ [phyloseq]

phyloseq パッケージ (github からダウンロード) によって作成されたプロットを変更したいと思います。Phyloseq プロットは ggplot2 オブジェクトなので、phyloseq で作成されたオブジェクトに ggplot2 オブジェクトを追加することで要素を追加できると思います。場合によってはこれでうまくいきますが、そうでない場合もあります。その理由はわかりません。例えば：

ここで、パッケージ vegan からいくつかの envfit() 矢印をプロットに追加しようとします。ここで前の質問を参照してください。

ただし、これはエラーを返します：「eval（expr、envir、enclos）のエラー：オブジェクト 'id.type'が見つかりません」

別のタイプの ggplot2 要素を追加しようとすると、機能します。

この「phyloseq」という R パッケージを使用して、バイオインフォマティクス データを分析しています。

そのため、生成された棒グラフは同じファミリーを積み重ねません。たとえば、サンプル 10 には 2 つの個別の「I」ブロックがあります。ggplot2 を使用した phyloseq プロット グラフを知っています。棒グラフで同じファミリを積み重ねるために、lot_bar(physeq, fill = "Family") に追加できる ggplot2 関連コードを知っている人はいますか?

私は肺と口からの 16s マイクロバイオーム データを分析しており、基本的には R を独学しています。そのため、qiime を使用して作成し、R に 2 つのファイルをアップロードしました。私の OTU テーブルは次を使用します。

そして、SampleID、Location、および Paired だけを含む一種の「マップ」ファイルです。例えば：

コード：

私のデータはペアになっており、ヒートマップを使用して肺と口を比較したいと考えています。私はRに問題を抱えています。まず、場所によってはできません。私はもう試した：

そして、私はこのエラーを受け取りました:

私は行きましたが?sample_data、ここで何が欠けているのかわかりません。

第二に、それが理にかなっている場合は、場所ごとにペアリングしたいと思います。

誰かがこのコードを手伝ってくれて、ここで何が欠けているのか説明してくれませんか? ベースラインで肺のマイクロバイオームを調べ、2 か月後に再びデータをペアにしたデータも持っているからです。

ご協力ありがとうございました！

ここに私のコード全体があります：

また、phyloseqオブジェクトの作り方がわからない

私は多変量データを扱っており、土壌細菌の多様性 (メタバーコーディングによって取得) を環境要因に関連付けて、細菌の多様性の最も大きな変動を説明する要因を確認しようとしています。ほとんどの分析には phyloseq パッケージを使用しています。たとえば、さまざまな種類の序列をコーディングすることができました

ただし、重要な環境変数を段階的に選択して RDA を実行したいと考えています。（パッケージordistep()内の機能のように）。veganphyloseq パッケージでこれをコーディングする方法を知っていますか? どんなアドバイスでも大歓迎です。