GROMOS54a7 で簡単なベンゼン シミュレーションを実行しています。MDAnalysis 1.0.0 を使用して、各ベンゼン分子の重心の RDF を計算したいと考えています。
これは可能ですか？Jupyter Notebook で次のコードを使用して、C 分子 g_cc(r) の rdf を作成しました。
import MDAnalysis
import numpy as np
%matplotlib inline
import MDAnalysis.analysis.rdf as mda
import matplotlib.pyplot as plt
u = MDAnalysis.Universe("739-c6h6-MolDynamics.tpr","739-c6h6-MolDynamics_good-pbc.xtc")
s1 = u.select_atoms("resid 0 and type CAro")
s2 = u.select_atoms("not (resid 0) and type CAro")
rdf = mda.InterRDF(s1, s2)
rdf.run()
各ベンゼン分子 (各ベンゼン分子は私のシミュレーションでは残基です) を取得し、その COM を計算して、上記のようなスクリプトを実行します。そのようなことは可能ですか？
RDF に関する一般的な質問: 上記で使用した方法は、軌跡のすべてのフレームを使用して RDF を構築しますか? これがドキュメントで明確にされているかどうかわからないので、これが明らかな質問である場合はお詫び申し上げます。
アドバイスありがとうございます！