OTU テーブルを phyloseq オブジェクトからデータ フレームに変換して、それを使用して PICRUSt2 を実行できるようにする必要がありますが、データ フレームにas.data.frame(physeq@otu_table)はしません。私は試してみましたが、私が言うpie<-as.matrix(physeq@otu_table)と、データフレームのふりをすることさえありません:is.matrix(pie) #it says TRUEclass(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq"
pie<-as.data.frame(physeq@otu_table)
is.data.frame(pie)
#FALSE
phyloseq オブジェクトからミトコンドリアと葉緑体を削除する必要があったため、phyloseq オブジェクトに入れる前の asv_mat をそのまま使用することはできません。これは asv_mat に残ります。
前もって感謝します