各クラスターの遺伝子発現の比率を見る関数を作ろうとしています。データセットをデータフレームに表現し、データセットのサブセットを分析することでそれを行うことができます。ただし、そのデータセットのサブセットを作成せずに、データセット自体 (膠芽腫) から直接その情報を取得したいと考えています。つまり、「glioblastoma」という名前の Seurat オブジェクトを作成し、FindAllMarkers などの関数を使用してマーカー遺伝子とクラスターを見つけた後、メタデータ (「glioblastoma」に保存されたデータ) を取得したということです。関数 str(glioblastoma) を使用して、以下に示すように保存されたデータを表示します。その str(glioblastoma) から各クラスターの各マーカー遺伝子発現の比率を見つけることは可能ですか (そうであると確信していますが、開始方法がわかりません)。これをチェックしてください
これは私が作ろうとしている機能です
ratio = function(data, marker_in, cluster_in){
data %>%
filter(gene == marker_in & cluster == cluster_in) %>%
.[["as.data.frame(Matrix::rowSums(as.data.frame(glioblastoma@assays$RNA@counts)))"]]/Matrix::colSums(as.data.frame(Matrix::rowSums(as.data.frame(data@assays$RNA@counts))))}
ratio(glioblastoma, "PLIN2", 0)
フィルター(gene == marker_in & cluster == cluster_in) が間違っていることはわかっていますが、それを修正する方法がわかりません。
誰でも助けてもらえますか？Seurat オブジェクトの引数を使用する関数は初めてです。ありがとうございました。