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私が興味を持っている 2 つのファイル、hitsort.cls と contigs.fasta を生成するプロセスがあります。publishdir を使用してこれらを出力します。

process RUN_RE {
    publishDir "$baseDir/RE_output", mode: 'copy'
  
    input:
    file 'interleaved.fq'

    output:
    file "${params.RE_run}/seqclust/clustering/hitsort.cls"
    file "${params.RE_run}/contigs.fasta"

    script:
    """
    some_code

    """

  }

ここで、これら 2 つのファイルを別のプロセスの入力にする必要がありますが、その方法がわかりません。

私はこのプロセスを

NEXT_PROCESS(params.hitsort, params.contigs)

入力を次のように指定します。

process NEXT_PROCESS {
  
    input:
    path hitsort
    path contigs

ただし、フルパスの代わりにベース名のみが使用されるため、機能していません。基本的には、RUN_RE が終了するのを待ってから、出力された 2 つのファイルを次のプロセスに使用することです。

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