私が興味を持っている 2 つのファイル、hitsort.cls と contigs.fasta を生成するプロセスがあります。publishdir を使用してこれらを出力します。
process RUN_RE {
publishDir "$baseDir/RE_output", mode: 'copy'
input:
file 'interleaved.fq'
output:
file "${params.RE_run}/seqclust/clustering/hitsort.cls"
file "${params.RE_run}/contigs.fasta"
script:
"""
some_code
"""
}
ここで、これら 2 つのファイルを別のプロセスの入力にする必要がありますが、その方法がわかりません。
私はこのプロセスを
NEXT_PROCESS(params.hitsort, params.contigs)
入力を次のように指定します。
process NEXT_PROCESS {
input:
path hitsort
path contigs
ただし、フルパスの代わりにベース名のみが使用されるため、機能していません。基本的には、RUN_RE が終了するのを待ってから、出力された 2 つのファイルを次のプロセスに使用することです。