ApacheのFTPClient3.0.1を使用して、破損したjarファイルをリモートサーバーにアップロードしているようです。また、ファイルとファイル転送の種類をバイナリに設定しています。
FTPClient ftp = new FTPClient();
FileInputStream fis = new FileInputStream("filename");
ftp.setFileTransferMode(org.apache.commons.net.ftp.FTP.BINARY_FILE_TYPE);
ftp.setFileType(FTPClient.BINARY_FILE_TYPE);
ftp.storeFile(fis);
fis.close();
ftp.logout();
ftp.disconnect();
どんな助けもいただければ幸いです!
ジェイソン