r - R での系統樹の正規化

Question

R で系統樹データを操作する場合 (特に「phylo」または「phylo4」オブジェクトを操作する場合)、特定の分類群 (より速く進化するもの) が不均衡な量の枝の長さに寄与しないように、枝の長さを正規化すると便利です。木に。これは、http: //bmf2.colorado.edu/unifrac/help.pspでの議論に見られるように、UniFrac 値の計算では一般的なようです。(ただし、UniFrac 値以上のものが必要です)。

ただし、この正規化ステップを実行する関数が見つかりません。類人猿、ピカンテ、アデフィロ、フィロベースを調べました。この関数を含むパッケージ、またはこの種の関数を簡単に記述できるパッケージを教えてもらえますか?

Answer 1

木の枝の長さをスケーリングする関数をお探しですか? もしそうなら、compute.brlen()猿はそれをします。Grafen の rho と all = 1 のオプションが組み込まれています。独自の関数を提供することもできます。

UniFrac が他の種類の枝長スケーリングを行うかどうかはわかりません。しかし、もしそうなら、関数を書いて渡すことができます。