r - BiocParallel エラー: 接続を開くことができません。どうすれば修正できますか?

Question

パッケージ bambu を使用して、bam ファイルから遺伝子数を定量化しようとしています。私は大学の HPC を使用しているので、R スクリプトとそれを起動するためのバッチ送信ファイルを作成しました。

スクリプトが bambu 関数を実行するポイントに到達すると、次のエラーが発生します。

Start generating read class files
  |                                                                      |   0%[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: ./results/minimap2/KD_R1.sorted.bam.bai
[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: ./results/minimap2/KD_R3.sorted.bam.bai
[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: ./results/minimap2/WT_R1.sorted.bam.bai
[W::hts_idx_load2] The index file is older than the data file: ./results/minimap2/WT_R2.sorted.bam.bai
  |==================                                                    |  25%
Error: BiocParallel errors
  element index: 1, 2, 3
  first error: cannot open the connection
In addition: Warning message:
stop worker failed:
  attempt to select less than one element in OneIndex 
Execution halted

BiocParallel が満足していないようで、特定の接続を開くことができませんが、これを修正する方法がわかりませんか?

これは私のRスクリプトです：

#Bambu R script

#load libraries
library(Rsamtools)
library(bambu)

#Creating files
bamFiles<- Rsamtools::BamFileList(c("./results/minimap2/KD_R1.sorted.bam","./results/minimap2/KD_R2.sorted.bam","./results/minimap2/KD_R3.sorted.bam","./results/minimap2/WT_R1.sorted.bam","./results/minimap2/WT_R2.sorted.bam","./results/minimap2/WT_R3.sorted.bam"))
annotation<-prepareAnnotations("./ref_data/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf")
fa.file<-"./ref_data/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa"

#Running bambu
se<- bambu(reads=bamFiles, annotations=annotation, genome=fa.file,ncore=4)
se
seGene<- transcriptToGeneExpression(se)

#Saving files
save.file<-tempfile(fileext=".gtf")
writeToGTF(rowRanges(se),file=save.file)
save.dir <- tempdir()
writeBambuOutput(se,path=save.fir,prefix="Nanopore_")
writeBambuOutput(seGene,path=save.fir,prefix="Nanopore_") 

なぜこれが起こるのかについてのアイデアがあれば、とても役に立ちます！ありがとうございました