PyViPR の PySB インターフェイスを使用して、Human1 ゲノムスケールの代謝モデルから作成した SBML (xml) モデルを読み込もうとしています。
pyvipr.pysb_viz.sp_rxns_bidirectional_view('./mymodel.xml')
動作しません。これがエラー メッセージの最後の部分です。エンコーディングに問題があるようです:
122 raise SbmlTranslationError(p_out.decode('utf-8') + "\n" +
--> 123 p_err.decode('utf-8'))
SbmlTranslationError:
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 55, in <module>
File "<string>", line 49, in main
File "C:\Users\proto\workspace\bionetgen\bng2\SBMLparser\build\sbmlTranslator\out00-PYZ.pyz\libsbml2bngl", line 345, in analyzeFile
File "C:\Users\proto\workspace\bionetgen\bng2\SBMLparser\build\sbmlTranslator\out00-PYZ.pyz\sbml2bngl", line 49, in __init__
File "C:\Users\proto\workspace\bionetgen\bng2\SBMLparser\build\sbmlTranslator\out00-PYZ.pyz\sbml2bngl", line 870, in getSpecies
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'getListOfCompartments'