同じトポロジーを持つ 2 つの系統樹があります (枝の長さを期待してください)。
R使用中ape：
t1 <- ape::read.tree(file="",text="(((HS:72,((CP:30,CL:30.289473923):32,RN:62):10):2,(CS:63,BS:63):11):5,LA:79);")
t2 <- ape::read.tree(file="",text="(((((CP:39,CL:39):29,RN:68):9,HS:77):5,(BS:63,CS:63):19):14,LA:96);")
> ape::all.equal.phylo(t1,t2,use.edge.length = F,use.tip.label = T)
[1] TRUE
2つの枝の長さの平均を計算したいのですが、問題は、それらのトポロジーは同じですが、ノードが表される順序が同一ではなく、すべてのツリーノードがヒントとラベル付けされているわけではないため、単純なものではないと思います.結合ソリューション:
> head(tidytree::as_tibble(t1))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 10 1 72 HS
2 12 2 30 CP
3 12 3 30.3 CL
4 11 4 62 RN
5 13 5 63 CS
6 13 6 63 BS
> tail(tidytree::as_tibble(t1))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 8 8 NA NA
2 8 9 5 NA
3 9 10 2 NA
4 10 11 10 NA
5 11 12 32 NA
6 9 13 11 NA
> head(tidytree::as_tibble(t2))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 12 1 39 CP
2 12 2 39 CL
3 11 3 68 RN
4 10 4 77 HS
5 13 5 63 BS
6 13 6 63 CS
> tail(tidytree::as_tibble(t2))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 8 8 NA NA
2 8 9 14 NA
3 9 10 5 NA
4 10 11 9 NA
5 11 12 29 NA
6 9 13 19 NA
そのため、枝の長さのペアをどのように対応させて、それらの平均をとるのかは明確ではありません。
それらを一致させる方法、またはt2に従って並べ替える方法はありt1ますか？
おそらくphytools'matchNodesメソッドはそのためのものですが、正しく機能しているようには見えません:
phytools::matchNodes(t1, t2,method = "descendants")
tr1 tr2
[1,] 8 8
[2,] 9 9
[3,] 10 10
[4,] 11 11
[5,] 12 12
[6,] 13 13
少なくとも、ヒントに正しく対応することを期待しています。つまり、次のことを意味します。
dplyr::left_join(dplyr::filter(tidytree::as_tibble(t1),!is.na(label)) %>% dplyr::select(node,label) %>% dplyr::rename(t1.node=node),
+ dplyr::filter(tidytree::as_tibble(t2),!is.na(label)) %>% dplyr::select(node,label) %>% dplyr::rename(t2.node=node))
Joining, by = "label"
# A tibble: 7 x 3
t1.node label t2.node
<int> <chr> <int>
1 1 HS 4
2 2 CP 1
3 3 CL 2
4 4 RN 3
5 5 CS 6
6 6 BS 5
7 7 LA 7
しかし、それは起こっていません。
各ノードの親がリストされているため、最終的にマッチングtree tibbleのための情報はこれらの にありますが、モードをマッチングするためにその情報を実際に使用するには、おそらくいくつかの再帰的な手順が必要です。