ReSharper が行末をそのままにしておくように変更する設定はありますか? 私には何も飛び出していません。
以下の確認方法の説明...
ReSharper を使用して完全なコードのクリーンアップを行うと、以前の行末に関係なく、行末が CRLF に変更されるようです。
VS2010 でファイルを開き、[ファイル] -> [高度な保存オプション] を実行し、線のスタイルを Unix (LF) に変更することで、これを自分自身で証明しました。
Notepad++ では、行末の表示をオンにして、行末に LF のみを表示します。
次に、ReSharper コードのクリーンアップを行うと、CRLF がどこにでも表示されます。