r - design matrix model.matrix(~0 + group + celltype) を使用して、2 つの異なる細胞タイプからの RNAseq データを解析できますか?

Question

2 つのセル タイプ (11C と 13C) と 2 つのグループ (KO と CTRL) があります。

サンプル細胞型グループ

11C-17 11C KO

11C-84 11C KO

11C-C 11C CTRL

13C-17 13CKO

13C-84 13C KO

13C-C 13C CTRL

PCA プロットに示されているように、細胞型が主な違いです。しかし、デザインマトリックス design <- model.matrix(~0 + group + celltype) とコントラストマトリックスcontrast.matrix <- makeContrasts(KOvsCTRL = KO - CTRL, levels= colnames(design)) を使用して、2 つのグループを比較します。