r - R の 2 つの遺伝子配列間の相違率を計算する

Question

質問やRパッケージでこれを見つけることができませんでした。うまくいけば簡単です。

2 つの仮説的な遺伝子配列を取り上げます。

Sequence A: ATG CGC AAC GTG GAG CAT
Sequence B: ATG GGC TAC GTG GAT CAA

2 つの配列間の単一ヌクレオチドのパーセンテージ差 (たとえば 15%) を生成する R コードが必要です。

何かご意見は？前もって感謝します。

Answer 1

私があなたの質問を正しく理解していれば、単純な文字列比較を行うだけで済みます。例えば、

R> seq1 = c("A", "T", "G", "C", "G", "C", 
            "A", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "T")
R> seq2 = c("A", "T", "G", "G", "G", "C", 
            "T", "A", "C", "G", "T", "G", 
            "G", "A", "G", "C", "A", "A")
R> seq1 != seq2
 [1] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
R> sum(seq1 != seq2)/length(seq1)*100
[1] 16.67

上記の形式でデータを取得するには、strsplit関数を見てください。