2

stackexchange のバイオインフォマティクス バージョンでこの質問をしましたが、これはコンピューターの問題だと思うので、ここで運を試してみようと思いました。

大きなデータベース (すべてのヒトタンパク質) でローカル BLAST (v2.2.24+) を実行すると、次のエラーが発生します。

proteinsApplicationError: Command 'blast-2.2.24+/bin/blastp.exe -query "query.fasta" -
db "human-proteins.fasta" -out blastOutput.xml -evalue 0.01 -outfmt 5'       
returned     non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: CSeqDBAtlas::MapMmap: 
While mapping file [human-proteins.fasta.psq] with 5550749 bytes allocated, caught 
exception:'

グーグルで検索すると、seqdbatlas のソース コードしか見つかりませんでした: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp見つかった：

1214         if (expt.length()) {
1215             // For now, if I can't memory map the file, I'll revert to
1216             // the old way: malloc a chunk of core and copy the data
1217             // into it.
1218             
1219             if (expt.find(": Cannot allocate memory") == expt.npos) {
1220                 expt = string("CSeqDBAtlas::MapMmap: While mapping file [") + 
                 (*m_Fname) + "] with " +
1221                     NStr::UInt8ToString(atlas->GetCurrentAllocationTotal()) +
1222                     " bytes allocated, caught exception:" + expt;
1223                 
1224                 SeqDB_ThrowException(CSeqDBException::eFileErr, expt);
1225             }
1226         }

C++ に関する私の知識は限られていますが、このことから得られるのは、そのサイズのデータ​​ベースで BLAST を実行するのに十分なメモリが PC にないということです。これは正しいですか? もしそうなら、より大きなメモリを搭載したコンピューターを入手せずにこの BLAST を実行する方法はありますか? 正しくない場合、どのようなエラーが表示されますか?

前もって感謝します、ニーク

4

1 に答える 1

1

クエリ ファイルを 2 つに分割し、2.2.24 の代わりに blast 2.2.25 を使用して修正しました。

于 2011-10-02T20:39:20.427 に答える