私のちょっとしたJavaの知識によると、プログラムは実行時例外をスローした後に終了するはずです。
しかし、ランタイム例外をスローした後のアプリケーションでは終了しません。Linuxで実行しているため、ctrl + cを使用して終了する必要があります。それ以外の場合は終了しません。
Windows システムで jar を作成し、それを Linux にコピーして貼り付けます。
また、アプリケーションでロギングを有効にしています。
更新: 例外をキャッチしていません。マルチスレッドは使用されていません。