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GWASカタログから特定の疾患関連情報を取得しようとしています。これは、スプレッドシートのダウンロードを介してWebサイトから直接実行できます。しかし、私はRでプログラム的にそれを行うことができるかどうか疑問に思っていました。どんな提案でも大歓迎です。

ありがとう。

Avoks

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関数download.file（）とパッケージrcurl（http://cran.r-project.org/web/packages/RCurl/index.html）をチェックアウトします-これはあなたが探していることをするはずです

于 2011-10-11T09:41:45.213 に答える
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最初に.tsvファイルをダウンロードして、手動で編集する必要があります。これは、GWASカタログファイルに「ベーチェット病」（その特別な4番目の文字を定義）の＆＃x000A7のようなHTML記号が含まれているためです。これらの記号の＃は、Rによって行末として解釈されるため、次のようなエラーメッセージが表示されます。

2028行目には34個の要素がありませんでした

したがって、最初にそれをダウンロードし、プレーンテキストエディタで開き、すべての＃を自動的に空の文字に置き換えてから、次のようにしてRにロードします。

read.table（ "gwas_catalog_v1.0-associations_e91_r2018-02-21.tsv"、sep = "\ t"、h = T、stringsAsFactors = F、quote = ""）
于 2018-02-25T01:11:26.777 に答える