マルコフ クラスタリング アルゴリズムの詳細については、次の例を参照してください。
http://www.cs.ucsb.edu/~xyan/classes/CS595D-2009winter/MCL_Presentation2.pdf
アルゴリズムを正確に表現したように感じますが、少なくともこのガイドがその入力に対して得ていたのと同じ結果が得られていません.
現在のコードは http://jsfiddle.net/methodin/CtGJ9/にあります。
小さな事実を見逃したのか、それともどこかで微調整が必要なだけなのかはわかりませんが、次のようないくつかのバリエーションを試しました。
- インフレ/膨張のスワップ
- 精度に基づく等価性のチェック
- 正規化の削除 (元のガイドでは必要なかったが、MCL の公式ドキュメントにはすべてのパスで行列を正規化するように記載されているため)
これらはすべて同じ結果を返しました - ノードはそれ自体に影響を与えるだけです。
VB でも同様のアルゴリズムの実装を見つけました: http://mcl.codeplex.com/SourceControl/changeset/changes/17748#MCL%2fMCL%2fMatrix.vb
そして、私のコードは、番号付けを除いて一致しているようです（たとえば、600 - 距離）。
これが拡張機能です
// Take the (power)th power of the matrix effectively multiplying it with
// itself pow times
this.matrixExpand = function(matrix, pow) {
var resultMatrix = [];
for(var row=0;row<matrix.length;row++) {
resultMatrix[row] = [];
for(var col=0;col<matrix.length;col++) {
var result = 0;
for(var c=0;c<matrix.length;c++)
result += matrix[row][c] * matrix[c][col];
resultMatrix[row][col] = result;
}
}
return resultMatrix;
};
これがインフレ関数です
// Applies a power of X to each item in the matrix
this.matrixInflate = function(matrix, pow) {
for(var row=0;row<matrix.length;row++)
for(var col=0;col<matrix.length;col++)
matrix[row][col] = Math.pow(matrix[row][col], pow);
};
そして最後にメインのパススルー機能
// Girvan–Newman algorithm
this.getMarkovCluster = function(power, inflation) {
var lastMatrix = [];
var currentMatrix = this.getAssociatedMatrix();
this.print(currentMatrix);
this.normalize(currentMatrix);
currentMatrix = this.matrixExpand(currentMatrix, power);
this.matrixInflate(currentMatrix, inflation);
this.normalize(currentMatrix);
while(!this.equals(currentMatrix,lastMatrix)) {
lastMatrix = currentMatrix.slice(0);
currentMatrix = this.matrixExpand(currentMatrix, power);
this.matrixInflate(currentMatrix, inflation);
this.normalize(currentMatrix);
}
return currentMatrix;
};