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ncbi apiを介してpmc-ids（pubmed中央ID）をpmid（pubmed id）に変換することは可能ですか？Webフォームからもできますが、プログラムを使いたいのですが、もちろんいつでもスクリーンスクレイパーを書くことができます...ありがとう

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NCBI Entrezプログラミングユーティリティ（E-utilities ）から、EFetchを使用してpubmed中央IDをpubmedIDに変換できます。からデータを読み取って解析できる任意のプログラミング言語からEFetchを使用することができます。HTTPXML

たとえば、リスト内の記事の1つが次の場合です。

Wang TT、etal。JBiolChem。2010年1月22日;285（4）：2227-31。
PubMed PMID：19948723 PubMed Central PMCID：PMC2807280

次のEFetchURLからXMLドキュメントを取得できます。

"http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db= pmc＆id = 2807280＆rettype = medline＆retmode = xml"

XMLドキュメントにはPubMedIDが含まれています。

<pmc-articleset>
   <article>
     <front>
        <article-meta>
            <article-id pub-id-type="pmc">2807280</article-id>
            <article-id pub-id-type="pmid">19948723</article-id>

perlでpmcidをpmidに変換する1つの方法は次のとおりです。

#!/usr/bin/perl
# pmcid2pmid.pl -- convert a pubmed central id to a pubmed id with EFetch 
# http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;    # send request to eutils.ncbi.nlm.nih.gov
use XML::Smart;        # parse response

# check parameter
my ($id) = @ARGV;
if ( not(defined($id))  ) { 
    print STDERR "must provide a pmcid as 1st parameter...\n";  
    exit(-1);
}    

$id =~ s/PMC//;
sleep(3);  #  recommended delay between queries

# build & send efetch query
my $efetch= "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?";
my $efetch_query = "db=pmc&id=$id&rettype=medline&retmode=xml";
my $url = $efetch.$efetch_query;

my $xml  = XML::Smart->new($url);
##print $xml->dump_tree(),"\n";

# parse the response
$xml = $xml->{'pmc-articleset'}->{'article'}->{'front'}{'article-meta'};
my $pmid   = $xml->{'article-id'}('pub-id-type','eq','pmid')->content; 

print STDOUT "PMID = $pmid";

> perl pmcid2pmid.pl PMC2807280
PMID = 19948723

于 2012-02-12T05:46:18.180 に答える