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igraphで使用するには、Rで簡単なデータ変換を行う必要があります。私のデータフレームはこの形式で、次のようにグループ化されていGROUPます。

    A   GROUP
1   1       a
2   2       a
3   3       a
4   4       a
5   1       b
6   3       b
7   5       b

el1.グループを拡張して、この形式の無向エッジリストを取得するにはどうすればよいですか？

    A   B
1   1   2
2   1   3
3   1   4
4   2   3
5   2   4
6   3   4
7   1   3
8   1   5
9   3   5

注：自己参照なし1-1、2-2、3-3、..。

2. ABの発生をカウントし、そこから加重エッジリストを作成するにはどうすればよいelですか？

    A   B   weight
1   1   2        1
2   1   3        2
3   1   4        1
4   2   3        1
5   2   4        1
6   3   4        1
7   1   5        1
8   3   5        1
4

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3

これが解決策です、私はコードでコメントしました：

# your data
df <- data.frame(A = c(1, 2, 3, 4, 1, 3, 5),
             GROUP = c("a", "a", "a", "a", "b", "b", "b"))

# define a function returning the edges for a single group
group.edges <- function(x) {
  edges.matrix <- t(combn(x, 2))
  colnames(edges.matrix) <- c("A", "B")
  edges.df <- as.data.frame(edges.matrix)
  return(edges.df)
}

# apply the function above to each group and bind altogether
all.edges <- do.call(rbind, lapply(unstack(df), group.edges))

# add weights
all.edges$weight <- 1
all.edges <- aggregate(weight ~ A + B, all.edges, sum)
all.edges
#   A B weight
# 1 1 2      1
# 2 1 3      2
# 3 2 3      1
# 4 1 4      1
# 5 2 4      1
# 6 3 4      1
# 7 1 5      1
# 8 3 5      1
于 2012-03-24T12:15:34.210 に答える
2

エッジリストを取得する方法は次のとおりplyrです。

foo <- data.frame(
  A = c(1,2,3,4,1,3,5),   
  GROUP = c("a","a","a","a","b","b","b"))

library("plyr")

E1 <- do.call(rbind,dlply(foo,.(GROUP),function(x)t(combn(x$A,2))))

E1

戻り値：

      [,1] [,2]
 [1,]    1    2
 [2,]    1    3
 [3,]    1    4
 [4,]    2    3
 [5,]    2    4
 [6,]    3    4
 [7,]    1    3
 [8,]    1    5
 [9,]    3    5

次に、重みを取得します（ここでcombnは、最小の数値を最初に配置するものを使用します）。

W <- apply(E1,1,function(x)sum(E1[,1]==x[1]&E1[,2]==x[2]))
E2 <- cbind(E1,weight=W)
E2 <- E2[!duplicated(E2),]

E2

どちらが返されますか：

         weight
[1,] 1 2      1
[2,] 1 3      2
[3,] 1 4      1
[4,] 2 3      1
[5,] 2 4      1
[6,] 3 4      1
[7,] 1 5      1
[8,] 3 5      1
于 2012-03-24T09:35:04.797 に答える