問題タブ [betareg]
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r - Betareg の要約によりメモリ割り当てエラーが発生する
私は現在、r. 私のコードは次のとおりです。
m1 <- betareg(rr ~ cred_report, data = mydata, link = "logit")
betareg は正常に動作しているようですが、summary() 関数を使用してモデルを要約しようとすると、次のエラーがスローされます。
summary(m1)
Error: cannot allocate vector of size 7450.6 Gb
glm パッケージを使用して同じ回帰を実行できましたが、このエラーは発生しませんでした。また、7450.6 GB は非常に大量のメモリが必要なようです。
何らかの支援が得られることを願っています。
r - CentOS でマルチスレッドを使用していない betareg
CentOS でモデル フィッティングをシングル スレッドで実行
betaregパッケージのbetamix関数を使用してベータ回帰モデルを組み合わせています。私はもともと Mac OS X でコードを開発しましたが、現在はジョブ管理用の LSF とノード上の CentOS を備えた HPC クラスターで実行しています (つまり、大規模に移行しています)。どちらの状況でも、次の YAML で定義された Conda 環境を使用します
betareg.yaml
私のローカル マシンでは、betamixステップは使用可能なすべてのコアに自動的にスケーリングされます。ただし、Snakemake を介してジョブをデプロイし、提供されたクラスターでは、threads: 16Snakemake ログがジョブごとに 16 コアの正しい割り当てを明確に示しているにもかかわらず、すべてのジョブがシングルスレッドで実行されていることが監視によって示されます。
パラレルパッケージ?
sessionInfo()両方の状況の出力を比較するとparallel、HPC コンテキストに読み込まれていないことがわかりました。ただし、明示的に追加library(parallel)しても違いはありませんでした。
同一の BLAS ライブラリ バージョン
もう 1 つの考えは、おそらく BLAS ライブラリが異なるということでしたが、これらも一致しているように見えます (明らかにプラットフォーム固有のビルドですが)。
osx-64 BLAS
linux-64 BLAS
割り当てられたすべてのスレッドを使用するように CentOS を実行するにはどうすればよいですか?
r - Stargazer の Betareg (サイズ __ のベクトルを割り当てるエラー)
betaregデフォルトの残差は重いため、サイズが大きいためにベクトルを割り当てるときにエラーが発生する可能性があります。これは、こちらで説明されているように、呼び出しtypeの残差を変更することで解決できます。summary
ただし、回帰表をstargazerで表示する場合、残差のタイプを明示的に設定することはできません。
betareg(大きな)オブジェクトを で動作させる方法はありますstargazerか?
私が考えることができるが、実装方法がわからない潜在的な解決策は次のとおりです。
type元のbetareg呼び出し (type = "pearson"またはその他の型)の残差を示すことはできません)。- オブジェクトを呼び出すときに
stargazer含める必要がある引数を明示的に示します。summarybetareg - 他の？
例：