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Python で以下を実装したいのですが、どこから始めればよいかわかりません。このタイプの最短経路問題に適したモジュールはありますか?

3D 化学構造 (グラフ) の xyz 座標の特定のコレクションで、特定の原子 (ノード) から他のすべての原子 (ノード) への最短経路を定義しようとしています。原子 (ノード) 間の結合は、ノードからノードへの移動が許可されているエッジです。

選択した中央ノードから外側への接続性に基づいて、分子 (グラフ) から特定の原子 (ノード) を除外しようとしています。

**考慮されるパスについて、特定のアトム (ノード) が交差することを禁止したいと考えています。A から B への最短パスが禁止ノードを通過する場合、この回答は許可されません。A から B への最短パスには、禁止されたノードを含めてはなりません **

選択した中心原子 (A) から別の他のノード (B) への最短経路が禁止されたノードを含み、かつ A から B への使用可能なエッジ (結合) を通る経路が他にない場合、ノード B をから削除する必要があります。保存する xyz 座標 (ノード) の最終セット。

これを A から C、A から D、A から E など、構造 (グラフ) 内の他のすべてのアトム (ノード) に対して繰り返す必要があります。

よろしくお願いいたします。

InChI のメイン レイヤー、電荷レイヤー、および立体化学レイヤー (InChI 文字列) を使用すると、化学分子を比較することができます。構造検索 (類似検索と部分構造検索)。 -構造検索。化学指紋 (日光やその他の指紋など)で利用可能な InChI に欠けているもの

接続されている化学反応がいくつかあります。すべての反応には 3 つの利用可能なドナーのうちの 1 つがあり、それらは消費されていくため、最終的には 0 になり、それが起こると反応を実行できなくなります。

したがって、たとえばドナー B の濃度が低く、最初の反応で消費された場合、3 番目の反応は実行できません。

それらをExcelで読んでいます。

ドナー濃度を入力する方法がわかりません。そのドナーが「B」であるたびに、ドナーの濃度が 1 減算されます。たとえば、B の濃度が 1 の場合、1 回目、2 回目、5 回目の反応のみが起こり、しかし、3番目と4番目ではありません。

おそらく、すべてのドナーを通過し、それが見つかったときに前のものから減算する for ループを実行する必要があります。