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Python を使用して InChI から ChemDraw .cdx ファイルを作成したいと考えています。この答えは の解決策を提供しcdx --> InChIます。

以下の最小限の例cdx_to_inchiは問題なく動作しますが、どうすればうまくいくかわかりませんでしたinchi_to_cdx。

RDKit で構造式を描画すると、原子ラベルのフォント サイズとリング サイズの比率が適切ではありません。ラベルが小さすぎるか大きすぎるか、位置がずれています。

残念ながら、これに関するドキュメントは貧弱です。私はこれを見つけました: https://rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Draw.MolDrawing.html しかし、これが関連しているかどうか、どのようにまとめなければならないかはわかりません。簡単で実用的なコード例がありません。

も試してみDraw.MolToQPixmapたのですが、そこでアトムのラベルがズレているのを経験し、これまでのところ、このクロスプラットフォームの一貫性を保つのが難しく、さらにDraw.MolToPixmap古い描画コードを使用していることが原因であることがわかりました。Draw.MolToImage代わりに例を使用する必要があります。しかし、フォントサイズと同様にDraw.MolToFile、単に小さすぎます。これがクロスプラットフォームの問題なのかどうかはわかりません (私は Win10 を使用しています)。したがって、解決策は単純にフォントサイズを設定することですが、どうすればよいでしょうか?

私がこの質問をした RDKit メーリング リストがあることは知っていますが、これまでのところ回答はありません。ここSOでは、より幅広い聴衆がいる可能性があり、イラスト用の画像を添付できます.

コード：

結果: ( Draw.MolToFile、アラインメントは問題ありませんが、原子ラベルが小さすぎます)

結果：（小さなDraw.MolToQPixmap画像には、位置がずれている、および/またはフォントが大きすぎる）

編集：（@Oliver Scottの提案により）

同じフォントサイズで同じ出力が 3 回得られます。きっとどこかで私が愚かな間違いか誤解をしているに違いない。

コード：

結果：