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Rで特定のCRANミラーを永続的に設定するにはどうすればよいですか?

ラップトップに永続的に設定して、そうするときにinstall.packages()どのミラーを選択するかを再度尋ねられないようにしたい。

CRANからRTextToolsパッケージをロードすると、次の警告が表示されます。

警告メッセージ：
1：「utils」をロードするときに以前のインポート「head」を置き換える<br> 2：「utils」をロードするときに以前のインポート「tail」を置き換える</ p>

これらの警告を取り除くにはどうすればよいですか？私はパッケージの作成者なので、ソースコードを操作できます。警告を抑制するのではなく、取り除く解決策を探しています。R2.14にアップグレードしたときに表示されたようです。前もって感謝します！

R内からCRANパッケージの発行日を取得することは可能ですか? 最近公開された k 個の CRAN パッケージ、または日付 dd-mm-yy 以降に公開されたすべてのパッケージのリストを取得したいと考えています。available_packages_by_date.htmlの情報に似ていますか?

available.packages() コマンドには「フィールド」引数がありますが、これは説明からフィールドを抽出するだけです。パッケージの説明の日付フィールドは、常に最新であるとは限りません。

HTMLページからスマートな正規表現を使用して取得できますが、このHTMLファイルがどれほど信頼性が高く最新のものであるかはわかりません...ある時点で、Kurtはレイアウトを変更してレイアウトを壊すことを決定するかもしれません脚本。別の方法として、 CRAN FTPのタイムスタンプを使用することもできますが、このソリューションがどれほど優れているかはわかりません。正式に構造化された、発行日が記載されたファイルがどこかにあるかどうかわかりませんか? HTML ページは何らかの DB から自動的に生成されると想定しています。

パッケージが複数のライブラリにインストールされている場合はどうなりますか? たとえば、Debian/Ubuntu では、apt-get を介して debian 化されたパッケージをインストールし、CRAN から同じパッケージの最新バージョンを直接インストールすることもできます。library() を使用する場合、最新のパッケージが読み込まれますか、それとも .libPaths() の順序に依存しますか?

最初のリリースでCRANにパッケージをアップロードしようとしていますが、FTPアップロードを通過できません。

ftp://cran.r-project.org/incomingへの書き込みアクセス権がないようです：

2つのファイルブラウザ（DolphinとKonqueror）、2つのGUIベースのFTPクライアント（FireFTPとGFTP）、そして古き良きftpコマンドラインインターフェイスで試しましたが、成功しませんでした。

私anonymousはユーザー名として使用し、メールアドレスまたは何もパスワードとして使用しませんでした。

また、この投稿curlのようにEPSVを使用して明示的に無効にしようとしました：

しかし、それでもアクセス拒否エラーが発生します。

私が間違っていることについて何か考えはありますか？

Rプロセスを開始するときに、一般的に使用される一連のRパッケージをメモリにプリロードするのに良い方法は何でしょうか。実際にはそれらをアタッチしません。できれば副作用のないように。

私が次のようなことをした場合：

パッケージがロードされ、次のように表示されsessionInfo()ます。

これには副作用がありますか？多数のパッケージに対してこれを行う場合、特にマスキングを防止したいと考えています。これの唯一の目的は、library()関数が呼び出されたとき、またはmypackage::somefunctionが使用されたときのプロセスを高速化することです。

私は、R を使用して再現可能なコンピューティングのフレームワークを開発しています。私が苦労している問題の 1 つは、一部の R コードがパッケージのバージョン XY-Z で完全に実行される可能性があることですが、3 年後にそれを再現しようとすると、パッケージには更新され、一部の機能が変更され、コードが実行されなくなりました。この問題は、パッケージを使用する Sweave ドキュメントなどにも影響します。

結果を自信を持って再現する唯一の方法は、元の作成者が使用した R バージョンとパッケージのバージョンをインストールすることです。これが 1 つのケースである場合、CRAN アーカイブから内容を取得して、適切なバージョンをインストールできます。しかし、私のフレームワークではこれは非現実的であり、パッケージ バージョンをプリインストールする必要があります。

ここでは、R のバージョンを 1 つ、たとえば 2.14 に制限しているとします。オンザフライでロードできるように、多くのバージョンの R パッケージをインストールする実用的な方法は何でしょうか? すべてのパッケージのすべてのバージョンに対して個別のライブラリ ディレクトリを作成し、それらをロードするときにカスタム lib.loc 引数を使用するようなことができると思います。これはバラバラになりますが。似たようなことをするためのヒントや以前の試みはありますか?

私のフレームワークは Ubuntu サーバーで実行されます。

[編集: 2013 年 6 月]この問題をより詳細に説明し、いくつかの解決策を提案する論文が ArXiv に掲載されました: http://arxiv.org/abs/1303.4808。2013 年後半に Journal of Statistical Software に掲載される予定です。

Ubuntu サーバーに、CRAN からすべてのソース パッケージをダウンロードしてインストールする cronjob があります。ただし、同じサーバーで、不規則なアクティビティに気付き始めました。まったく関係ないかもしれませんが、一部の CRAN パッケージに悪意のあるコードが含まれている可能性があるのではないかと考えさせられました。

cran パッケージを作成して公開するプロセスは非常に簡単です。ちょっと簡単すぎるかも。パッケージを FTP にアップロードすると、Kurt がチェックを行い、公開します。毎日アップロードされる R パッケージの量を考えると、パッケージの広範な監査が行われていないと想定するのが妥当です。また、ほとんどのディストリビューション パッケージのように、秘密鍵を使用したパッケージの署名もありません。説明の電子メール アドレスでさえ、検証されることはめったにありません。

コンパイル時または実行時にルートキットをインストールするコードを含めることはそれほど難しくありません。sudo を使用してパッケージをインストールするため、コンパイル時間はおそらくより脆弱です。これはおそらくやめるべきです。しかし、実行時にも多くのことができます。最近、Linux カーネルにはいくつかのセキュリティ上の脆弱性がありました。私は、完全に最新のシステムで、権限昇格のエクスプロイトを介して root を非常に簡単に取得できることを確認しました。R は通常インターネットにアクセスできるため、悪意のあるコードをパッケージに含める必要さえなく、wget または download.file() を使用してどこかからダウンロードするだけで済みます。

とはいえ、R ユーザーはこれをまったく考慮していないのでしょうか。それとも、信頼できる人からのみパッケージをダウンロードするという哲学ですか? まだ信頼性が低いパッケージに署名していません。クランパッケージをインストールするためのより安全なアプローチは何ですか? パッケージをビルドしてからバイナリをコピーし、常に R をサンドボックスで実行するための別のマシンのようなものを検討しました。それは少し面倒ですが。

インストールされたパッケージから R オブジェクト (例: リスト) の形式で R ヘルプ ページを取得する良い方法はありますか。標準化された JSON または XML スキーマの形式でヘルプ ページを公開したいと考えています。しかし、DB から R ヘルプ情報を取得するのは、思ったよりも困難です。

しばらく前にハッキングして、R ヘルプ マニュアル ページの HTML を取得しました。ただし、JSON / XML / HTMLなどにレンダリングできる、この情報を含む一般的なRオブジェクトが必要です。Hadleyのhelprパッケージを調べましたが、これは私の目的には少しやり過ぎのようです.

一部の Web サービスでは、オンデマンドの ggplot2 プロットを可能な限り高速化する必要があります。memoise の導入により、一部のキャッシングがプロッティング関数に自動的に導入され、2 番目のプロットが最初のプロットよりも大幅に高速になります。ただし、私の Web サービスは R セッションごとに 1 つのプロットしか描画しないため、デフォルトでは役に立ちません。

事前キャッシュを行う (たとえば、実際のリクエストの前にオンロードで計算を行う) か、一般的な呼び出しと出力のために memoise キャッシュをディスクに保存/ロードすることが賢明/可能/有用であるかどうか疑問に思っていました。

例：