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nnet パッケージ cran からニューラル ネットワーク モデルをプロットするパッケージまたはその他のソフトウェアはありますか。

nnet と Rattle を使用して、ニューラル ネットワーク モデル (3 つの入力と 1 つの出力) をトレーニングしました。

これはモデルの要約でした:

どうもありがとうございました

OSに依存しない方法でローカルリポジトリのルートディレクトリへのURLのようなパスを指定して、パッケージバイナリ（またはLinuxおよびMac OSで同等のものと呼ばれるもの）を含む実際のサブディレクトリへのパスを拡張する関数はありますか？

デューデリジェンス

関連リンク

• SO投稿
• Rマニュアル

次の下にリポジトリがあるとしますL:/my_repo。

MS Windowsには、特定のサブディレクトリ構造が必要です。

実際にリポジトリを作成します。

パッケージバイナリがリポジトリに存在するようになったら、リポジトリのインデックスを作成する必要があります。

その後、リポジトリは準備が整い、次の方法でパッケージをインストールできます。

install.packages（ "mypackage"、repos = file.path（ "file：//"、path.repo））

ここまでは順調ですね。パッケージバイナリがビルドされたら、パッケージバイナリをローカルリポジトリに自動的にコピーする関数を作成したいと思います。PACKAGES' andそのためには、バイナリと2つのインデックスファイル（ PACKAGES.gz`）を含む実際のディレクトリへのパスを取得する必要があると思います。そして、それを可能な限り一般的なものにするために、 OSに依存しない方法でそれを行う必要があります。

もちろん、インデックスファイルを検索することもできます

しかし、もっと良い方法があるのだろうか。

私はRを初めて使用し、このWebページにリストされているパッケージをインストールしようとしています: http ://web.cbio.uct.ac.za/~renaud/CRANですが、現在はクランWebサイトで入手できます.

「パッケージ インストーラー」を使用しようとすると、R はこの Web サイトに存在しない osx ディレクトリを探しています。ハード ドライブにファイルを .tar ファイルとしてダウンロードするか、ファイルを解凍してから .tgz ファイルとして圧縮すると、次のエラー メッセージが表示されます。

このパッケージをRにインストールする方法、および/またはそれを(再)コンパイルする方法についてのヒントはありますか?OS X 10.8でRによって認識されますか?

R を「バッチ モード」で実行すると、interactiveフラグが false に設定されます。これにより、埋め込み/バッチ設定のコンテキストでプロセスを中断するようなユーザー プロンプトが表示されなくなります。見る：

を使用すると一部保持されRscriptます。このフラグは、インタラクティブパッケージを使用して手動で設定することもできます。テストするには、次を試すことができます。

CRAN ミラーがまだ設定されていないと仮定すると、install.packagesインタラクティブなミラー ピッカーは表示されず、代わりにエラーがスローされて終了します。

ただし、helpor?コマンドは引き続き機能することに気付きました。たとえば、次のコマンドはヘルプ ブラウザを表示しますが、q を押すまで続行しません。

ただし、出力をファイルに送信する場合、対話型プロンプトは表示されず、出力に完全なヘルプ ドキュメントがダンプされるだけです。

を使用するときに実際に何が起こっているのか、少し混乱していhelpます。R がバッチ モードで実行されている場合でも、対話型のヘルプ ブラウザーが表示されるのはなぜですか? これは の機能ですかR、それとも Debian/Ubuntu フロントエンドの機能ですか? R が入力の使用を待機しているため、Rserve、RInside、JRI などの内部で関数が呼び出されRたときに応答しなくなるリスクはありますか?help

ちょっと恥ずかしい/ノーゴーですが、「純粋なユーザー」から「初心者開発者」に移行してからそれほど長くはないので、新しいRバージョンがリリースされたときに実際にCHANGELOGを読んだことはありません。 -今日まで（そして私はこれを習慣にするべきだと感じています）;-)

それでも、RR 2.15.2のCHANGELOGを最初に垣間見ると、それについて何も見つからなかったため、想定された変更が実際に発生したかどうかはわかりません。

実際の質問

パッケージリポジトリの（サブディレクトリ）構造がから変更された可能性はありますか

./bin/windows/contrib/2.xx/

に

./src/contrib/2.xx/または./src/contrib？

または、少なくともPACKAGESファイルがここに存在する必要があるということ./src/contrib/PACKAGESです。

背景情報

バージョン2.15.1までは、ローカルパッケージリポジトリからパッケージをインストールするために次のパスが機能していました。

関数contrib.urlはreposそれを受け取り、適切なサブディレクトリに展開します。

しかし、実行しようとするとinstall.packages()、R2.15.2で次のエラーが発生します。

R 2.15.1で同じことをすると、すべてがスムーズに機能します。

デューデリジェンス

CHANGELOGにはリポジトリに関するいくつかの参照がありますが、想定される変更が発生したという証拠を私に与える唯一のセクションは次のとおりです。

パッケージのインストール

WindowsまたはMacOSXのバイナリパッケージをインストールする場合、install.packages（）は、ソースパッケージが同じリポジトリで利用可能かどうかを確認し、それが新しいバージョンであるか、ソースパッケージはあるが、利用可能なバイナリパッケージがないかを報告します。

公式ドキュメントをもう一度見て、パッケージの場所を探しているように見えるので、argが正しくtype渡されない可能性があるという考えを得ましたか？contrib.url()install.package()type="source"

私は自分が書いたコードについて暗黙的ではなく明示的である傾向があります。したがって、独自のパッケージを作成した後、すぐに頭に浮かぶのは、コードの堅牢性と信頼性を確保するための最善の方法です。その一部は、私のパッケージが依存しているパッケージと関係があります。

実際の質問

その点で：パッケージの依存関係のどのバージョンが必要/望ましいかを明示的に述べることは可能ですか？

たとえば、ファイルへの実際のパスを指定する必要がない方法を探していzipます（もちろん簡単に可能です）が、パッケージ名のみinstall.packagesを指定する「標準の動作」を使用するだけです（おそらくいくつかの必要なバージョンのリファレンス）。

デューデリジェンス

必要なRバージョンを記述するために機能する同様のメカニズムを期待して、ファイルのセクションに関して私のオプションが何であるかを確認するために、R拡張機能の記述をチェックしました（例）。しかし、パッケージの依存関係に似たものは見つかりませんでした。DependsDESCRIPTIONR (>= 2.15.2)

'Depends'フィールドは、このパッケージが依存するパッケージ名のコンマ区切りのリストを提供します。パッケージ名の後には、オプションで括弧内のコメントを続けることができます。コメントには、比較演算子、空白、および有効なバージョン番号が含まれている必要があります。

パッケージが特定のバージョンのRに依存している場合は、特別なパッケージ名「R」を使用することもできます。たとえば、パッケージがRバージョン2.11.0以降でのみ機能する場合は、「R（> = 2.11.0）」をに含めます。 'Depends'フィールド。R-develまたはR-patchedに特定のSVNリビジョンを要求することもできます。たとえば、「R（> = 2.14.0）、R（> = r56550）」には、2011年7月下旬のR-develより後のバージョンが必要です（リリースを含む）。 2.14.0のバージョン）。ライブラリとRパッケージチェック機能の両方がこのフィールドを使用します。したがって、不適切な構文を使用したり、必要になる可能性のある他のソフトウェアに関するコメントに「Depends」フィールドを誤用したりするとエラーになります。その他の依存関係（Rシステムの外部）は、「SystemRequirements」フィールドにリストする必要があります。別のREADMEファイルで増幅される可能性があります。

R INSTALL機能は、使用されているRのバージョンが、インストールするパッケージに対して十分に新しいかどうかをチェックします。指定されたパッケージのリストは、ライブラリーの呼び出し時と準備時の両方で、現在のパッケージの前に（バージョン要件をチェックした後）添付されます。インストール中の遅延読み込み用。

それから私も見て、議論install.packagesのようなものを望んでいましたが、そうversionではないと思います。

免責事項

私の質問の目的は、CRANパッケージリポジトリを介してパッケージを配布およびインストールするというRの哲学とは対照的であり、特定のパッケージの新しいバージョンが以前のパッケージを「無効」にし、install.packages()常に利用可能な最新のパッケージを取得することを完全に認識しています。 。また、物事を過度に複雑にしないために、エンドユーザーからバージョンの特性を隠すことも非常に理にかなっています。

それでも、可能な限り堅牢なコードを書くという目標に関して、私見では、物事を非常に明確に述べることも理にかなっています。または、少なくともそうするオプションがあります。

サーバーcran.gforge.seにCRANリポジトリを作成しました。これは、 2.15.2より前はチャームのように機能していましたが、パッケージが存在しないというエラーが表示されます。

Gmiscパッケージをインストールするためのコード：

これにより、エラーが発生します。

install.packagesの警告：パッケージ'Gmisc'は使用できません（Rバージョン2.15.2の場合）

私はこのSOの質問を調べてみましたが、これは非常に似ているように見えますが、何の助けもありません。マニュアルはこのテーマについては少し不足していますが、現在、アップロードする前に次のwrite_PACKAGESを実行しています。

私はこのSOの質問で提案された解決策も試しました：

私は並列ソースコードを持っているので、これは問題ではないはずです、または私は何かを逃しましたか？

私はRが初めてで、中規模のプロジェクトを書き始めました。アプリケーションの一部として配布されますが、整理するためにパッケージ化することにしました。

バージョン管理を使用している場合、DESCRIPTION ファイルに Version フィールドと Date フィールドが必要であるという事実をどのように処理すればよいですか? git commit ごとにそのファイルを変更したくありません。

このための標準の Makefile はどこかにありますか?

さらに、これをどのように行い、開発中にパッケージを使用できるかについては完全にはわかりません。

MongoDB ドライバー パッケージは、この問題rmongodbに従って R 2.15.2 をクラッシュさせます。

著者は GitHub で問題を修正しましたが、CRAN は更新されていません。作成者は Windows プラットフォームにしかアクセスできず、Mac OS X 用のパッケージをビルドできません。Mac OS XI にソースからパッケージをインストールしようとすると、ビルド エラーが発生します。

この問題を回避する方法についてのポインタ、またはパッケージの 64 ビット Mac OS X バイナリへのリンクを提供していただければ幸いです。

受信 ( ftp://cran.r-project.org/incoming ) に送信されると、パッケージ名に次の接尾辞 .save、.pending、および .noemail が付けられることに気付きました。その後、パッケージは着信から消えます。次のステップは、CRAN メンテナーがそれをメイン サーバー ( http://cran.r-project.org/src/contrib/ http://cran.r-project.org/web/packages/ )に配置することだと思います。その後、ミラーに伝播されます。

私の質問:

(1)誰かが手順を確認し、それらの詳細を提供してくれませんか? 特に、パッケージが受信から消えた後に何が起こるか (そのステップのステータスを確認する方法が見つかりませんでした)

(2) 各ステップの平均所要時間は?

ありがとう！