問題タブ [edge-list]

ダーツでグラフを実装しようとしています。

ノード (頂点)、エッジ、グラフのクラスを作成することを考えました。

主なアイデアは、グラフにはノードのリストとエッジのリストがあるということです。

後で、グラフにいくつかの検索アルゴリズムを実装します。

また、各ノードに近隣ノードのリストを追加して (近隣ノードのリスト)、各ノードがその近隣ノード (正確には後続ノード) を認識できるようにすることも考えています。ここでの私の考えは、ノードがこの情報を持っている場合、アルゴリズムが毎回エッジリストをチェックする必要がある場合よりも、1 つのノードの後続ノードを取得する方が速いということです。変更 (エッジ、ノードの削除、新しいエッジ、ノードの追加) も、2 つの場所で更新する必要があるため、コストが高くなることはわかっています。しかし、現時点では、作成後にグラフをあまり動的にする予定はありません。

このアプローチは理にかなっていると思いますか、それとも私のやり方には市長の欠点があるのでしょうか?

テーブル内の一致する列の値からエッジを作成したいので、基本的には次のとおりです。

そのようなテーブルがあった場合、エッジリストを作成したいと思います

そのため、列の値が行ごとに一致するたびにエッジを作成したいと思います。私は多くのドキュメントに目を通しましたが、これと似たようなことをするものを見つけられないようです。どんな助けでも大歓迎です！

現在、データフレームが機能していますが、データフレームの主題の起源を調べたいと思います。データ フレームの作成に使用したコードの一部を次に示します。

そして、出力を次のようにしたいと思います。

numrows はすべてのエッジの合計になると思いますか? 私が間違っている場合は、私を修正してください。そこで、numrow 関数が満たされた場所をすべて集めたいと思いました。

各ノードの配置がグラフ内の他のノードに関連するように、ノードとこれらのノード間の重み付けされたエッジのグラフが与えられた場合、重み付けされたエッジを適用してこれらのノードを視覚化するための適切なライブラリ (python 推奨) は何ですか? 最後に、この相対グラフを、各ノードが (x,y) 座標を持つような座標系に変換するにはどうすればよいでしょうか?

例：

ここで、3、4、5 はそれぞれのエッジの重みです。

これにより、3,4,5 の直角三角形が描画されます。次に、A、B、および C の (x,y) 座標を使用して、各ノードを 2D 座標系にプロットします。

I don’t have experience with Python/NetworkX. Everything I try is a dead-end. I have Python 2.7 installed on Windows 8. (Took forever to install NetworkX.)

A. I cannot get NetworkX to read my weighted network

I have a text file with the edges and weights, like this:

I name the file test.edgelist (exactly as I’ve seen in many examples) and then used this code to read it:

I get the following error message:

(note: for the unweighted version with just the first two columns, using the same code, only with read_edgelist instead of read_weighted_edgelist, it’s working just fine)

And by using this alternative code:

I get the following error message:

B. Can't find a way to read some node attributes from a file.

The text file will be something like:

I found this, which I think is the only remotely relevant to what I’m looking for:

Reading nodes with pos attribute from file in networkx

Although csv format is not the problem in my case, I took a shot and installed pandas, but all I get is errors:

グラフ g があり、g からノードの各ペア間の類似度を計算するとします。

問題は、g_sim のデータを使用して g のエッジに重みを割り当てる方法です。言い換えると、g にエッジ A--B がある場合、g_sim のペア A、B の値と等しいエッジの属性が必要です。

次のようなデータセットの場合:

関連するパターンの数を見つける必要があります。たとえば、21-79 と 21-186 には 21 の共通点があります。したがって、それらは 1 つのパターンを形成します。また、21 は 4-21 にあります。このエッジも同じパターンに寄与しています。これで、4-881、4-212、3-4 のエッジに 4 が付きました。したがって、同じパターンにも貢献します。したがって、エッジ 21-79、21-186、4-21、4-881、4-212、3-4 が 1 つのパターンを形成します。同様に他のパターンもあります。したがって、パターン (またはサブグラフ) を形成するために共通の 1 つのノードを持つすべてのエッジをグループ化する必要があります。指定されたデータセットには、合計 4 つのパターンがあります。

そのような番号を見つけるコードを（できればRで）書く必要があります。パターンの。

次のコードを使用して、ラベルなしで見栄えがよく対称的に見える単純な垂直グラフがあります。

各ラベルに同じ文字列を使用して、A と B の間のエッジと E と F の間のエッジにラベルを付けたいと思います。同じラベルが付いた長い A->B および E->F エッジを除いて、同じ出力を期待しています。

残念ながら、これらのエッジの 1 つにラベルを追加するとすぐに、全体的なレイアウトがわずかに斜めに見えます (E->F エッジにラベルを追加すると、結果は同様になります)。

私はgraphvizを初めて使用し、スタックオーバーフローに関する多くの質問に従って、ランクと制約のさまざまな組み合わせを試してきました。クラスターを使用して、上部と下部を個別に適切に整列させるかどうかを確認し、使用してみましたdot、ccomp、gvpack、neato の組み合わせでも同様の結果が得られました。

同じランクのノード間のエッジにラベルを追加すると、これらのノードがどのように配置されるかに影響を与えるという事実に要約されるようです。

些細なことを見逃していますか、それともドットに任せるのではなく、すべきではないことを試みていますか?

私は dot - graphviz バージョン 2.36.0 (20140111.2315) を使用しており、リンクされた画像はドットのみで作成されました (ただし、次を使用すると同様の結果が得られました: