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ggplot2いわゆるtopoplot (神経科学でよく使用される)の生成に使用できますか?

サンプルデータ：

完全なサンプル データ。

行は個々の電極を表します。列xとyは 2D 空間への投影を表し、列signalは基本的に、特定の電極で測定された電圧を表す z 軸です。

stat_contourどうやらグリッドが不均等なため、機能しません。

geom_density_2dxとの密度推定のみを提供しますy。

geom_rasterこのタスクに適していないか、メモリがすぐに不足するため、間違って使用しているに違いありません。

スムージング (右の画像のように) と頭の輪郭 (鼻、耳) は必要ありません。

Matlab を避けて、このツールボックスまたはそのツールボックスに適合するようにデータを変換することは避けたいと思います... どうもありがとう!

更新 (2016 年 1 月 26 日)

目的に最も近いのは、

次のような画像が生成されます。

更新 2 (2016 年 1 月 27 日)

完全なデータで@alexforrenceのアプローチを試してみましたが、これが結果です:

素晴らしいスタートですが、いくつかの問題があります。

1. 最後の呼び出し ( ggplot()) は Intel i7 4790K で約 40 秒かかりますが、Matlab ツールボックスはこれらをほぼ瞬時に生成します。上記の「緊急時の解決策」には約 1 秒かかります。
2. ご覧のとおり、中央部分の上下の境界線が「スライス」されているように見えます。これが原因かどうかはわかりませんが、3 つ目の問題である可能性があります。

3. 次の警告が表示されます。

   /li>

更新 3 (2016 年 1 月 27 日)

interp(xo, yo)異なると のstat_contour(binwidth)値で生成された 2 つのプロットの比較:

low を選択するとギザギザのエッジinterp(xo, yo)、この場合はxo/ yo = seq(0, 1, length = 100):

BCI2000 を使用して Motor Imagery の EEG データを記録しました。運動イメージには、2 つの単純なタスクが含まれていました (被験者は、刺激 1 が表示されたときに右手を動かし、刺激 2 が表示されたときに左足を動かすことを想像するように求められました)。

データを EEGLAB にロードすると、[イベントの選択] というポップアップ ウィンドウが表示されました (図 1 )。異なる番号に関連付けられており、私の場合は第 1 刺激が 1 で、第 2 刺激が 2 です)」.

自分のデータを (Plot>Channel Data Scroll を使用して)見ると、選択されたイベントを含む EEG データを示す図 2に、「StimulusCode」という単語だけが表示されますが、刺激に関連付けられた番号は表示されません。

1. EEGLAB に刺激コードが表示されないのはなぜですか?
2. データ取得中に BCI2000 の設定を変更する必要がありますか (チュートリアルの目的で BCI2000 から提供されたサンプル BCI2000 データを EEGLAB にロードしましたが、上記の問題が発生したデータ セットでも同様です)
3. 別のイベント リストを EEGLAB にインポートする必要がありますか?

いくつかの EEG データを分析する必要があり、前処理手順を自動化しようとしています。

40名の参加者がいます。すべての参加者は、4 つの条件に対して 4 つの異なるファイルを持っています。

したがって、ファイルは次のように保存されます

40-4まで

ファイルは BioSemi (.bdf) からのものです。

前処理手順を自動化できましたが、毎回別のファイルを選択し、スクリプトを実行して保存する必要があります。

すべてを単独で実行する for ループを実行したいと思います (1-1 を取る、前処理を実行する、保存する、1-2 を取る...など)。

以下に、これまでに取得したものを貼り付けます。

私は一日中 for ループを書こうとしてきましたが、うまくいきません。

助けていただければ幸いです。

これは現在の前処理スクリプトです。

私は現在、BCI モーター画像データセットに関するプロジェクトを行っています。その必要な成分をICA法で抽出することに興味があります。私は現在、その目的のために EEGLAB を使用しています。独立成分変数を GUI から MATLAB のワークスペースに抽出する方法を教えてください。

ggplot を使用して、いくつかの EEG データから回帰結果の topoplot を作成できますか?

本質的に私はこのようなことをしたい: ggplot2 の topoplot – データは電圧ではなく、回帰からの結果 (係数、t 値、ベイズ係数など) である場合の EEG データなどの 2D 視覚化。

電圧がプロットされている例を再現することができました。私の試みでは、特定のタイム スライスでの各電極からのベイズ係数のリストがありました。ただし、その投稿のコードを自分のものに適応させることはできませんでした。ここに私のデータのセクションがあります：

サンプルデータ

これは、データをインポートした後に行ったことです。

Rコード

コードに従うと、予測値はすべての電極または勾配で同じになります。

ggplot コマンドのこのセクションを実行した後にのみ、これを取得しました。

残りを続けると、グラフは次のようになりました。

補間を行ったときに問題が発生したと思います。または、電極の座標が異なっていた可能性があります。私は topoplot と補間がどのように機能するかについて本当に初心者なので、愚かな間違いを犯した場合はご容赦ください。

どんな助けでも大歓迎です！