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各リーフ ノードのルートまでのパス (すべてのノード) を取得する大きなツリーがあります。

私はete2を使ってこれをやろうとしていますが、ツリーが大きすぎて遅すぎるようです。

誰もがそうするためのより速い方法を提案できますか?

それは私がやっていることです：

一部のノードに属性「a」を持つツリー t があります。特定のノードにこの属性があるかどうかをテストしたいのですが、私がしたことは次のとおりです。

しかし、エラー treenode n has no attribute a が表示されます

それをテストする方法はありますか？

次のコードを使用して、ファイルから newick 文字列をロードしようとしています。

しかし、次のエラーが発生します:

ファイル形式を確認しましたが、問題ありません。変数を間違った方法で渡していると思います。ファイル名を変数として渡すように教えてください。

変数を使用せずにファイル名を文字列として渡すと正常に動作しますが、変数値を使用してツリーをロードする必要があります。

Python で ETE2 モジュールを使用してツリーを作成しようとしています。2 つの親ノードに 1 つの子ノードを追加して、ツリーが表示されたときに両方が子ノードに接続されるようにします。私は ETE の完全な初心者なので、これが簡単な質問である場合はご容赦ください。コード：

出力は

ここで私は根本的にツリーの考えに反対していますか? ETE には、私が提案していることを行う簡単な方法がありますか?

さらに詳しい情報が必要な場合はお知らせください。

ETE Toolkit によって生成される出力画像のフォント フェイスの向きを変更したい: http://etetoolkit.org

何らかの理由で、下の図に示すように、回転と向きの変更はラベルに影響しません。

Jupiter ノートブックでこの例を生成するコードは次のとおりです。

また、出力を 1 行ではなく複数の行に分割できるかどうかも知りたいです。長いシーケンスは幅の広いスペースを必要とする傾向があるため、シーケンスを複数の行に分割することが実用的です。

次のようなタクシーのリストがあります。

上記のタクシーから順番に分類IDを含むファイルを取得しようとしています:

パッケージ「ete3」を使用しています。上記の ID からリネージを教えてくれるツールete-ncbiqueryを使用します。（以下のコマンドを使用してLinuxラップトップから実行します）

結果は次のようになります。

探しているものに対応するアイテム (IDS) がわかりません (存在する場合)